Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000638

染色体: Chr04 坐标: 7251372-7256110 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000638
名称SmilChr04G000638
描述uncharacterized SmilChr04G000638
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向7251372 - 7256110 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022491
GeneID131022491
locus_tag-
NCBI NameLOC131022491
原始查询SmilChr04G000638

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022491

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807982.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807982.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057807982.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807982.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807982.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:7255066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,C12,C87,D6
Chr4:7255071 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C17
Chr4:7255071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:7255072 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A24,B103,B105,B16,B53,B74,B79,B8,C18,C20,C37,C42,C51,C75,C80
Chr4:7255090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B66,B76,B8,D10
Chr4:7255094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B5
Chr4:7255108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr4:7255124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B18,B43
Chr4:7255187 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr4:7255187 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr4:7255217 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B42,B43,B5
Chr4:7255217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951999.1
AAATCCTCTCTCTCACTCCTTCATCCTCACCAATTCGACTCTCTCTCTCCCCTTCATCTCTCATCTTCCTCCATTAACATCCATGGTAGAACCTTCCGAAGCTTCCAAAAATTATACAAAACACATCAATCCACTCCAAAACCTTGCCTAAACACCTTCAATCTCCTTGGATTCAAGAAGATCATTGAAGATTGCTTCCAAGGCTAGAGAGAGAAAGTGTGATTTTTGGTGAAAAGTTTGGACACGAGCAGAGCAAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022491
ATGCCGAGTTATATTGAGACAGCGATGCAGCGATGGTTCAAGGAGTATATCCCGGACGAGGATGACACCTTGGGTGAACTTCTGGCACACTATCACCGAAGATGGGGGAGGGCTATTCCCTATGGGATCGATGGCACAGAGGCCATTACGCTTTTGATTCCACTACTGCCACCTTCGTGGCGAGACTGGGCGACATCTTTAGTGCCCCAGTACGTAGATACTACCTGGTTGGAGGGCATCAAGTACGGAGACCTTAGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807982.1
MPSYIETAMQRWFKEYIPDEDDTLGELLAHYHRRWGRAIPYGIDGTEAITLLIPLLPPSWRDWATSLVPQYVDTTWLEGIKYGDLSGFIATLSHRYFAYGDPPSPQYGELEGPAQGRDLVVVPPPPEEPFPMAPLPPADPIPVSLESDVSEPMVFETYSPGIEHDPFAFLSLIPSPSADLPPWDLTPATTPLPLPPVESAQPIVSTESETQDVPYDPYPRVAPLPEPGTLAFQTYMHSILYSPSRDAQEGGSRPARSDSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器