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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000650

染色体: Chr04 坐标: 7348215-7348793 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000650
名称SmilChr04G000650
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向7348215 - 7348793 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022922
GeneID131022922
locus_tag-
NCBI NameLOC131022922
原始查询SmilChr04G000650

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=40.1; qcov=0.766; evalue=7.35e-33; confidence=medium
RiceOs11g0656500
-
identity=48.7; qcov=0.974; evalue=6.05e-58; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808446.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808446.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808446.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808446.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808446.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:7348234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B98,C13
Chr4:7348236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C17
Chr4:7348239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C13
Chr4:7348248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B119,B124,B136,B61
Chr4:7348282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,C51,C67
Chr4:7348293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B120,C16,C52,C74
Chr4:7348334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr4:7348370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr4:7348386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C44
Chr4:7348495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,B94,C62
Chr4:7348496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B32,B50,C33
Chr4:7348501 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A23,B134,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952463.1
ATGGAGAATCCAACCACTACGCATTTTAAGGCGGCAAAGAGAATTCTTCGCTACCTCAAAGGTACGCTCAACTACGGCCTATTCTATTCAAATACTCATGATTATAAGCTTGTTGGCTATAGTGATAGCGATTGGGCTGGAGATAATGATGGCCGCAAGAGTACGAGCGGGTTCGTGTTTTTTATGGGAGACACTGCTTTCACCTGGATGTCCAAGAAGCAACCCATAGTCACGCTATCAACGTGTGAAGCTGAATATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022922
ATGGAGAATCCAACCACTACGCATTTTAAGGCGGCAAAGAGAATTCTTCGCTACCTCAAAGGTACGCTCAACTACGGCCTATTCTATTCAAATACTCATGATTATAAGCTTGTTGGCTATAGTGATAGCGATTGGGCTGGAGATAATGATGGCCGCAAGAGTACGAGCGGGTTCGTGTTTTTTATGGGAGACACTGCTTTCACCTGGATGTCCAAGAAGCAACCCATAGTCACGCTATCAACGTGTGAAGCTGAATATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808446.1
MENPTTTHFKAAKRILRYLKGTLNYGLFYSNTHDYKLVGYSDSDWAGDNDGRKSTSGFVFFMGDTAFTWMSKKQPIVTLSTCEAEYVAATSSVCHAVWLRSLLEELGWPQKEPTTICVDNKSAIALSKNPVFHNRSKHIDTRFHYIRECIAKKEVQVEYVKSQDQVADIFTKPLKFEDFAKFRNLLRMINQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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