Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000660`

染色体: Chr04 坐标: 7464990-7465936 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000660`
名称	SmilChr04G000660
描述	uncharacterized protein At2g39795, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	7464990 - 7465936 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022533`
GeneID	`131022533`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022533`
原始查询	`SmilChr04G000660`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818565]; symbol=AT2G39795; hit=AT2G39795; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818565]; symbol=AT2G39795; hit=AT2G39795; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G39795` (AT2G39795) Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818565] identity=27.2; qcov=0.73; evalue=2.78e-09; confidence=low
Rice	`Os06g0326500` - identity=25.9; qcov=0.643; evalue=8.02e-08; confidence=low
GO	GO:0005759 (mitochondrial matrix)
KEGG	-
Pfam	PF02330 (MAM33)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022533

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057808028.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808028.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808028.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808028.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808028.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:7465036`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,C80,D5
`Chr4:7465037`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,C80,D5
`Chr4:7465222`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B41
`Chr4:7465222`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B41
`Chr4:7465468`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	131	A11,A18,A20,A21,A22,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B10,B102,B104,B105,B106,B107,B109,B117,B119,B121,B122,B123,B125,B128,B129,B131,B134,B135,B137,B14,B140,B16,B18,B19,B21,B24,B25,B28,B29,B33,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B48,B5,B50,B52,B55,B58,B59,B6,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B74,B75,B76,B77,B78,B81,B9,B91,B92,B94,B95,B97,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C2,C20,C23,C25,C26,C28,C3,C31,C33,C35,C38,C39,C4,C41,C43,C44,C45,C46,C5,C51,C53,C54,C57,C60,C61,C64,C65,C66,C67,C69,C72,C74,C75,C76,C79,C80,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D7,D8
`Chr4:7465480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C35
`Chr4:7465480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr4:7465518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:7465737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:7465830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B65,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808028.1

252 aa

126

252

MAM33

PF02330 MAM33 83-215 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808028.1`	Pfam	`PF02330`	MAM33	Domain	83	215	9.9e-10	39.4	Mitochondrial glycoprotein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952045.1
TTACAGTAGTCGAAAATATGCTCACAGTCACCATGCTTCGCTTAGTTTGTACCTCTACAGTTATTCCCTTCGCTGCAGTTGGTGCAATCGCCTCTCCGAAAATTCGCTTTCTATCCATCGGTAATGCTTTGAGAGAGAGCCCCATCGTTTCCGGCCGCCACTTCTCCTCCGATTCTGGCAACCTCATTGGCCGTAGAATCGTCGGAGCCATAAAATCCCAAATCAAATCCCTCGAGTTGGACATCGTGAAAACTAGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022533
ATGCTCACAGTCACCATGCTTCGCTTAGTTTGTACCTCTACAGTTATTCCCTTCGCTGCAGTTGGTGCAATCGCCTCTCCGAAAATTCGCTTTCTATCCATCGGTAATGCTTTGAGAGAGAGCCCCATCGTTTCCGGCCGCCACTTCTCCTCCGATTCTGGCAACCTCATTGGCCGTAGAATCGTCGGAGCCATAAAATCCCAAATCAAATCCCTCGAGTTGGACATCGTGAAAACTAGTGGTTTGCCGGCCGATCTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808028.1
MLTVTMLRLVCTSTVIPFAAVGAIASPKIRFLSIGNALRESPIVSGRHFSSDSGNLIGRRIVGAIKSQIKSLELDIVKTSGLPADLPFTVEDDDRYCHIMLKRELGDERIEVTVNPVHDVPQNNSSESEAPSVRINVSISKENKGTLDLGANVCADLVSVNKISFSEPNTYVPSLSYHTEAAEADDLEEALYWFVRDRGIEASNVGFLYKYMVEKRRRWGTVWVPGRKPETDDLKKLMKFVEDWHKTTTTST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器