当前解析结果
SmilChr04G000673| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000673 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000673 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000673 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 7632452 - 7633045 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022928 |
|---|---|
| GeneID | 131022928 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022928 |
| 原始查询 | SmilChr04G000673 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022928 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057808452.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808452.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808452.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808452.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808452.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:7632563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,C60 |
Chr4:7632578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B9,C60 |
Chr4:7632578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,C60 |
Chr4:7632581 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,C60 |
Chr4:7632694 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr4:7632745 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr4:7632755 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,B60,B85 |
Chr4:7632763 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C13,C3,C53,C63 |
Chr4:7632769 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,A3,C59 |
Chr4:7632771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B43,C6,C68 |
Chr4:7632798 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr4:7632806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B43,C36,C6,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808452.1PF03732
PEG10_N-capsid 3-68 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808452.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 3 | 68 | 6.1e-12 | 46.4 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。