当前解析结果
SmilChr04G000675| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000675 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000675 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000675 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 7707672 - 7708575 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022545 |
|---|---|
| GeneID | 131022545 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022545 |
| 原始查询 | SmilChr04G000675 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022545 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808036.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057808036.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808036.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808036.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057808036.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:7707989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C24,D11 |
Chr4:7708023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr4:7708036 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B63 |
Chr4:7708036 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B63 |
Chr4:7708037 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B120 |
Chr4:7708050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,A24,B40,C51 |
Chr4:7708151 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C35 |
Chr4:7708151 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr4:7708190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr4:7708226 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr4:7708275 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,C55,D7 |
Chr4:7708288 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B22,B91,C55,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808036.1PF03004
Transposase_24 3-100 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808036.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 3 | 100 | 7.9e-08 | 33.3 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。