Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000688`

染色体: Chr04 坐标: 8021352-8028605 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000688`
名称	SmilChr04G000688
描述	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8021352 - 8028605 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022557`
GeneID	`131022557`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022557`
原始查询	`SmilChr04G000688`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.4-like
产物	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.4-like
Arabidopsis	`AT3G55550` (AT3G55550) Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824720] identity=57.5; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0574700` - identity=53.7; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00139 (Lectin_legB); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057808046.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808046.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808046.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808046.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808046.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8021420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr4:8021441`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,A8,B33,B44
`Chr4:8021483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr4:8021519`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:8021603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:8021640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr4:8021712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A14,A24,B1,C28,C75,D3
`Chr4:8021768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,D4
`Chr4:8021903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr4:8022326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr4:8022383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B62,B9,C30,C72
`Chr4:8022491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808046.1

671 aa

336

671

Lectin_legB

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00139 Lectin_legB 25-272 aa PF00069 Pkinase 343-550 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 345-612 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808046.1`	Pfam	`PF00139`	Lectin_legB	Domain	25	272	5.7e-81	272.4	Legume lectin domain
`XP_057808046.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	343	550	1.4e-44	153.2	Protein kinase domain
`XP_057808046.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	345	612	2.7e-45	155.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952063.1
ATGGCGACCTTCGTCCTCCTCTTCCTCCTCCTTCTCTCTCTCTACGCATCCCCGTCTTCATCCCAGCTCGACGAATTCTGCTACACCGGCTTCCACCACTCCAAACCAAATCTAACCCTAAACGGCGCCGCGCTGATCCAAAAATCCGGCGTCCTGCAGCTCACAAACGAGACCAGCAGATTGAAAGGCCACGCATTCTATCCATCGCCGATTCAATTCAAAAATTCAACCACCAAAACCGTCTCCTCCTTCTCCACGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022557
ATGGCGACCTTCGTCCTCCTCTTCCTCCTCCTTCTCTCTCTCTACGCATCCCCGTCTTCATCCCAGCTCGACGAATTCTGCTACACCGGCTTCCACCACTCCAAACCAAATCTAACCCTAAACGGCGCCGCGCTGATCCAAAAATCCGGCGTCCTGCAGCTCACAAACGAGACCAGCAGATTGAAAGGCCACGCATTCTATCCATCGCCGATTCAATTCAAAAATTCAACCACCAAAACCGTCTCCTCCTTCTCCACGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808046.1
MATFVLLFLLLLSLYASPSSSQLDEFCYTGFHHSKPNLTLNGAALIQKSGVLQLTNETSRLKGHAFYPSPIQFKNSTTKTVSSFSTSFAFSIHPEYPKLGGHGFAFTVAPNKQLSSSLPSQYLGLLNSTDAGNFSNHIFAVEFDTVQDFEFGDINDNHVGVDVNSLVSNASAAAAYFSDDSAKHDLNLKGGTPLFAWIEYDSAANLVNVTLSPTSSKPKIPNLSFPIDLSPIFHDQMYVGFSASTGLLASSHYVLGWSFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器