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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000703`

染色体: Chr04 坐标: 8178468-8181148 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000703`
名称	SmilChr04G000703
描述	uncharacterized SmilChr04G000703
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8178468 - 8181148 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022938`
GeneID	`131022938`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022938`
原始查询	`SmilChr04G000703`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0125300` - identity=30.9; qcov=0.239; evalue=4.82e-19; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022938

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057808462.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808462.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808462.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808462.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808462.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8178727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr4:8178775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr4:8178930`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B1,B140,B22
`Chr4:8178930`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B1,B140,B22
`Chr4:8178962`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B1,B140,B22
`Chr4:8178962`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B1,B140,B22
`Chr4:8179022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B94,C6
`Chr4:8179062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,D3
`Chr4:8179073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B94,C6,C7
`Chr4:8179379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr4:8179447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,C26,C61
`Chr4:8179497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808462.1

798 aa

399

798

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

gag_pre-integrs

PF14223 Retrotran_gag_2 36-182 aa PF22936 Pol_BBD 607-682 aa PF13976 gag_pre-integrs 716-775 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808462.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	36	182	7.1e-22	78.7	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057808462.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	607	682	1.4e-14	54.9	Pol polyprotein, beta-barrel domain
`XP_057808462.1`	Pfam	`PF13976`	gag_pre-integrs	Domain	716	775	8.5e-18	64.6	GAG-pre-integrase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952479.1
ATGGATTTGTCAAGTGTGTCGGCTCGACCTCCTACTCTTGATAGTGGTGGGAAGAACTACAACTTGTGGAAAAGTAGGATGAAAATCTATATCAAATCTATTGATGAACGTGCCTGGGTGGCTGTGTTGGATGGAGCCTTAAATGCTATCTTTATCTCTGTTGATGTTCCTGCCTTTCGCATGATTTCTAATTGCACGGAAGCTCGAGATGCTTGGCTCATTTTGCAGGAACAATGTGAAGGTTCAGCCAGTGTTAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022938
ATGGATTTGTCAAGTGTGTCGGCTCGACCTCCTACTCTTGATAGTGGTGGGAAGAACTACAACTTGTGGAAAAGTAGGATGAAAATCTATATCAAATCTATTGATGAACGTGCCTGGGTGGCTGTGTTGGATGGAGCCTTAAATGCTATCTTTATCTCTGTTGATGTTCCTGCCTTTCGCATGATTTCTAATTGCACGGAAGCTCGAGATGCTTGGCTCATTTTGCAGGAACAATGTGAAGGTTCAGCCAGTGTTAGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808462.1
MDLSSVSARPPTLDSGGKNYNLWKSRMKIYIKSIDERAWVAVLDGALNAIFISVDVPAFRMISNCTEARDAWLILQEQCEGSASVRATKMRMLTTKFEILRMRDDETFSAYYEKLCEISNEAVGLGEPISNERLVSKILRSLPERYNMKISSIEETVDVATLRVGDLVSKLLTFEMNLEQQKADHVSKSVAFRVEKIPENSEITNLSECTDIDHEEEDDVNLAMLVKNFNNMLKSFKKGKSKNGFRKPSGMSAGSSSNIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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