当前解析结果
SmilChr04G000707| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000707 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000707 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000707 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 8241816 - 8242905 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022573 |
|---|---|
| GeneID | 131022573 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022573 |
| 原始查询 | SmilChr04G000707 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022573 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808063.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057808063.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057808063.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808063.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808063.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:8241865 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 96 | A10,A13,A15,A19,A24,A25,A4,A5,B100,B101,B102,B104,B109,B11,B115,B119,B123,B127,B129,B13,B130,B131,B135,B136,B138,B14,B15,B2,B22,B26,B29,B3,B30,B33,B34,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B53,B56,B60,B61,B62,B68,B71,B78,B8,B81,B82,B83,B85,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B96,B99,C10,C18,C21,C23,C26,C30,C32,C33,C38,C42,C47,C48,C55,C58,C61,C67,C68,C7,C72,C73,C74,C75,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,D10,D11,D6,D9 |
Chr4:8241881 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A18,A20,B122,B140,B16,B41,B48,B50,B60,B99,C16,C19,C39,C54,C61,C62,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808063.1PF23622
LRR_At1g61320_AtMIF1 14-113 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808063.1 |
Pfam | PF23622 |
LRR_At1g61320_AtMIF1 | Repeat | 14 | 113 | 2.8e-07 | 31.0 | At1g61320/AtMIF1, LRR domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。