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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000711`

染色体: Chr04 坐标: 8306150-8307202 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000711`
名称	SmilChr04G000711
描述	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8306150 - 8307202 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022941`
GeneID	`131022941`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022941`
原始查询	`SmilChr04G000711`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
产物	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
Arabidopsis	`AT4G15090` (FAR1) FRS (FAR1 Related Sequences) transcription factor family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827173] identity=33.2; qcov=1.04; evalue=2.69e-60; confidence=low
Rice	`Os11g0681300` - identity=41.9; qcov=0.949; evalue=7.76e-89; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808464.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057808464.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808464.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808464.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808464.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8306424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B48,B69,C46
`Chr4:8306434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B41,B48,B69,C46
`Chr4:8306448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr4:8306452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B48,B69,C46
`Chr4:8306535`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	B21,B26,B42,B44,B48,B51,B69,B81,B83,B88,B94,C33,C46,C48,C56,C59,C69,C76,C79,C87
`Chr4:8306546`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B44,B51,B69,C10,C46,C59,C79
`Chr4:8306619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr4:8306637`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	B21,B42,B83,B90,B94,C10,C19,C33,C46,C48,C56,C61,C69,C79,C87,D8
`Chr4:8306648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	B21,B42,B83,B90,B94,C19,C33,C46,C48,C56,C61,C69,C79,C87,D8
`Chr4:8306669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B83
`Chr4:8306669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr4:8306710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808464.1

350 aa

175

350

FAR1

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

PF03101 FAR1 20-91 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 177-293 aa PF10551 MULE 212-306 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808464.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	20	91	8.7e-08	33.5	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057808464.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	177	293	1e-08	35.9	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057808464.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	212	306	8.3e-30	103.8	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952481.1
ATGACTGGTCCAAGGCCTGGAATGATATTTGAAAGCGAACATGATCTATTGGATTCCTACAAAGCTTATGCTAAGGCTAAGGGTTTTGGCGTTGCAACTAGATCGAGAAGAGGCGATAAATATCTACAATACACGTGTGAAAGGGGACAACAATCGGAGAGTAAAAAATATAGTAAGAGGATGGACTGTCCCGCTCGTATAAATGCAATAAACAAGGGTGATGGTATTTGGATGATTGGAAAAGTATTCAACGAGCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022941
ATGACTGGTCCAAGGCCTGGAATGATATTTGAAAGCGAACATGATCTATTGGATTCCTACAAAGCTTATGCTAAGGCTAAGGGTTTTGGCGTTGCAACTAGATCGAGAAGAGGCGATAAATATCTACAATACACGTGTGAAAGGGGACAACAATCGGAGAGTAAAAAATATAGTAAGAGGATGGACTGTCCCGCTCGTATAAATGCAATAAACAAGGGTGATGGTATTTGGATGATTGGAAAAGTATTCAACGAGCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808464.1
MTGPRPGMIFESEHDLLDSYKAYAKAKGFGVATRSRRGDKYLQYTCERGQQSESKKYSKRMDCPARINAINKGDGIWMIGKVFNEHNHELEPEMSEFMPAHRHLSNELKRQLEAHDRARMRLSKSIRMMEIFAGGPSNLGATVKDCRNYVEERRRLRLGAGDAVSIQKLFKSCQKNDKDFFYLMDVDDDSRLRNVLWIHPRSRAAYEDFHDVVSFDTTYLVNQYKMPFGSIVGVNHHNHSILLGCCLLTDETTDSFKWFF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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