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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000721

染色体: Chr04 坐标: 8461382-8467777 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000721
名称SmilChr04G000721
描述uncharacterized SmilChr04G000721
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向8461382 - 8467777 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022583
GeneID131022583
locus_tag-
NCBI NameLOC131022583
原始查询SmilChr04G000721

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA GYRASE B3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830289]; symbol=GYRB3; hit=AT5G04110; species=arabidopsis; confidence=low
产物DNA GYRASE B3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830289]; symbol=GYRB3; hit=AT5G04110; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G04110 (GYRB3)
DNA GYRASE B3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830289]
identity=45.2; qcov=0.382; evalue=8.6e-46; confidence=low
RiceOs04g0166400
-
identity=32.3; qcov=0.662; evalue=3.04e-43; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022583

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808077.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808077.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808077.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808077.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808077.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:8461870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:8461871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B62,B9,C30,C72
Chr4:8461877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C15
Chr4:8462027 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B108,B27,B35,C43
Chr4:8462216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C57,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952096.1
GTAGTTTACGACATTCCTCTCGTGCAAAAAGATAAAAATCTTTTCAAGTTACTAAAAGTGATTTATTTATTTTTTGTCGAATTTCCTGACCCAGATCCAATTCAAGATCCATGGCGGTCATAAGCTTGGACCTTTGAATTGATTAGAAAAATTTTACACCTGCTTCTTTACTACAAAGAAGGAATCATTTCAAGAATTATAGTTTAGCACGCCTCACCGCCGGCGCCGACTCCTCCTTCGACTCCGAAGGAGAGAGAATT...
XM_057952094.1
TTCCGCTTCACATCATATTTCACCACGACCTAATAATTATTTTTATTGTTTATACGGATCTATTTTCATTCGATGTTGTGAGATGATGAGTGTTTATACTTGATACCCTTGGTAGAAGTTGGTAAGTAGGCGTTCGAGTCCATTTTTTTGAGTTTTTATTTATTTATTTCCTAAATCTAAAATTGATGAATGCTGTTTTATTTTTGGCGATAGTTCGCGTTTAATGACGGAGGAGTCGTGCATGCTCCGCGTTGCTCAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022583
ATGAGTAGACAACGGGCACGGAAGGAGAAAGATAATGCTAAAGCTCCTTCCAGTAAAGGTGTAGAGGATGTCCGGTGCAGCTCAATTTTTGGACAATACTCAGTAGAAGAAATGATAACTCAGTTAAAAGGGCTTGCTCTGGATCCTTCTATGCCACAGTTTGCCCGTGATAATATCCAGCCTTTGTGGAATCAGATCCTTGGTCTCAGAAAATTAATGATCCTCGAAGATTCTGAAATGCCTTGGAGAAAGCGGAAACT...
LOC131022583
ATGAGTAGACAACGGGCACGGAAGGAGAAAGATAATGCTAAAGCTCCTTCCAGTAAAGGTGTAGAGGATGTCCGGTGCAGCTCAATTTTTGGACAATACTCAGTAGAAGAAATGATAACTCAGTTAAAAGGGCTTGCTCTGGATCCTTCTATGCCACAGTTTGCCCGTGATAATATCCAGCCTTTGTGGAATCAGATCCTTGGTCTCAGAAAATTAATGATCCTCGAAGATTCTGAAATGCCTTGGAGAAAGCGGAAACT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057808077.1
MSRQRARKEKDNAKAPSSKGVEDVRCSSIFGQYSVEEMITQLKGLALDPSMPQFARDNIQPLWNQILGLRKLMILEDSEMPWRKRKLDQLVKDRLRAPAGFVSPNQQNITKRRRRQLSQASSLSCLLNSVDSAQSHDEKFIFESHTSGSLVTFDGALLEIQVTTECSFADDVVDLKCTSKDVSPVVDSDESVNGSNPSSPEDSTPNEARRLGISKVVRNLNSPTLSGAQRKHLEPSRRSIRLLNFIGDHLQRKAIPVGPR...
XP_057808078.1
MSRQRARKEKDNAKAPSSKGVEDVRCSSIFGQYSVEEMITQLKGLALDPSMPQFARDNIQPLWNQILGLRKLMILEDSEMPWRKRKLDQLVKDRLRAPAGFVSPNQQNITKRRRRQLSQASSLSCLLNSVDSAQSHDEKFIFESHTSGSLVTFDGALLEIQVTTECSFADDVVDLKCTSKDVSPVVDSDESVNGSNPSSPEDSTPNEARRLGISKVVRNLNSPTLSGAQRKHLEPSRRSIRLLNFIGDHLQRKAIPVGPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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