Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000723`

染色体: Chr04 坐标: 8497533-8498611 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000723`
名称	SmilChr04G000723
描述	uncharacterized SmilChr04G000723
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8497533 - 8498611 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022584`
GeneID	`131022584`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022584`
原始查询	`SmilChr04G000723`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	8-amino-7-oxononanoate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820058]; symbol=AT3G09050; hit=AT3G09050; species=arabidopsis; confidence=high
产物	8-amino-7-oxononanoate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820058]; symbol=AT3G09050; hit=AT3G09050; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G09050` (AT3G09050) 8-amino-7-oxononanoate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820058] identity=59; qcov=0.967; evalue=2.15e-94; confidence=high
Rice	`Os01g0853000` - identity=47.7; qcov=0.963; evalue=9.53e-73; confidence=high
GO	GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057808080.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057808080.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057808080.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057808080.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808080.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8497794`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,D10
`Chr4:8497992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B62,B9,C30,C72
`Chr4:8498478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B119,B18
`Chr4:8498524`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr4:8498553`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	41	A11,A15,A2,A4,A9,B103,B12,B133,B19,B24,B32,B34,B50,B54,B6,B70,B76,B78,B86,B95,C1,C11,C14,C17,C19,C20,C25,C31,C34,C35,C4,C45,C53,C60,C63,C69,C74,C83,C84,D1,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952097.1
ATTGGGAGGTCCAAAACATTCCCCACAATGCATATTTTGCCTGATCTCTCTCTCTCTCCACCCAACAATATACACACTATGATTTCTCTAAAAGCAGTCCAAACTGCCTTCACTCCCAACCATGGTCCCTTCCCTGAAAGAGATTCCTTGAGGAAGAGGAGGCCAAGCCTCTCCCTCTGCAAGTCCAAAGATTCAGATGATTCTGATCAAGAAATTCCACCAGAAGGAGACAAGCGCAAGCAGGACCTCCTTGTCAGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022584
ATGCATATTTTGCCTGATCTCTCTCTCTCTCCACCCAACAATATACACACTATGATTTCTCTAAAAGCAGTCCAAACTGCCTTCACTCCCAACCATGGTCCCTTCCCTGAAAGAGATTCCTTGAGGAAGAGGAGGCCAAGCCTCTCCCTCTGCAAGTCCAAAGATTCAGATGATTCTGATCAAGAAATTCCACCAGAAGGAGACAAGCGCAAGCAGGACCTCCTTGTCAGGATTGCAATGCTTCAAACCCAAAAGGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808080.1
MHILPDLSLSPPNNIHTMISLKAVQTAFTPNHGPFPERDSLRKRRPSLSLCKSKDSDDSDQEIPPEGDKRKQDLLVRIAMLQTQKVRLTDYLDERSEYLTQFAEEANAEIDLIGENALKELDEAGARIMGNIESRMQAFEESMELNKVEIEESEKVVENFQGQIQKDRNEGLFFKNLGEKKPVDIAQAKEEAEKIKELTKKSAGSAIRRNIYLALMGLVVIGIADASVSSSPDWRKVAFLGVILAGLITQFFYEKSMLSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器