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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000728

染色体: Chr04 坐标: 8582907-8583754 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000728
名称SmilChr04G000728
描述uncharacterized SmilChr04G000728
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向8582907 - 8583754 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022951
GeneID131022951
locus_tag-
NCBI NameLOC131022951
原始查询SmilChr04G000728

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022951

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057808474.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808474.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808474.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808474.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808474.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:8582906 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B126,B133,B55,C17
Chr4:8582958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B18
Chr4:8582980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,D10,D7,D8
Chr4:8582982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B44,C26
Chr4:8582989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr4:8583022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr4:8583038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B35,C43
Chr4:8583039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B26,D5
Chr4:8583044 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 51 A24,A5,A7,B101,B110,B131,B136,B138,B14,B21,B22,B26,B29,B34,B36,B47,B49,B56,B60,B61,B68,B71,B72,B82,B83,B85,B88,B89,B90,B92,B93,B96,C10,C23,C29,C32,C38,C40,C42,C48,C5,C61,C68,C7,C70,C71,C73,C8,C80,C81,C86
Chr4:8583078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:8583111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B54,B58,B91,D5
Chr4:8583116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B54,B58,B91,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952491.1
ATGAAGAAGCTGTCAAAGATATGGAAGAAGCGCATTTTGGTGTCTGTGGCGCTCACCAATCGGGACCTAAGCTACACTTTCGAATCAAAAGAATGGGCGGAAGCTTTCAACAAAACCTTGCGCAACTTGTTGAAGAAGGTGGTTGCGAAAACAAAGCGTGATTGGCACGAAAGGATTGGAGAAGCATTATGGGCGTACAGAACAACTCGTAGGACTCCAACACAAGCTACTCCTTATTCATTAGTCTATGGTGTGGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022951
ATGAAGAAGCTGTCAAAGATATGGAAGAAGCGCATTTTGGTGTCTGTGGCGCTCACCAATCGGGACCTAAGCTACACTTTCGAATCAAAAGAATGGGCGGAAGCTTTCAACAAAACCTTGCGCAACTTGTTGAAGAAGGTGGTTGCGAAAACAAAGCGTGATTGGCACGAAAGGATTGGAGAAGCATTATGGGCGTACAGAACAACTCGTAGGACTCCAACACAAGCTACTCCTTATTCATTAGTCTATGGTGTGGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808474.1
MKKLSKIWKKRILVSVALTNRDLSYTFESKEWAEAFNKTLRNLLKKVVAKTKRDWHERIGEALWAYRTTRRTPTQATPYSLVYGVEVVIPLEQQIPSLRIAIQEGLIEEENARLRLEELEVLDENRLEGQQRLECYQA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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