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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000734

染色体: Chr04 坐标: 8774007-8775761 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000734
名称SmilChr04G000734
描述protein FLUORESCENT IN BLUE LIGHT, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向8774007 - 8775761 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022590
GeneID131022590
locus_tag-
NCBI NameLOC131022590
原始查询SmilChr04G000734

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FLUORESCENT IN BLUE LIGHT, chloroplastic
产物protein FLUORESCENT IN BLUE LIGHT%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G14110 (FLU)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820628]
identity=72.3; qcov=0.736; evalue=2.58e-112; confidence=high
RiceOs01g0510600 (OsFLU1)
-
identity=68.8; qcov=0.719; evalue=6.54e-101; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0015995 (chlorophyll biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF13424 (TPR_12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022590

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057808086.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057808086.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057808086.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057808086.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808086.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:8775136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr4:8775216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B27,B35,B47,C43
Chr4:8775545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B18
Chr4:8775554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808086.1
299 aa
N
1
150
299
TPR_12
C
PF13424 TPR_12 228-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808086.1 Pfam PF13424 TPR_12 Repeat 228 297 9.5e-14 52.1 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952103.1
AGTGTTTTTAAAAGGAAAAAAAAAAAACGAGGGAGGATTGAGCTTTAGATAGTGTAGTAAGTTGACATCGCAGATTGAAAAGGGATAGAGAAGAAGATGACGATGACGATGAAGCAAGGGCTTCTAACGTGGAGCCCTTGTCAATGGCCTCACTCGCTCTCTAGGGTTTCTTACTCATCTCTCAAGGCACCTAAATCCGTCAAGCCCAATTCATTTTTCAAAATCTCTGCTTCGATCAATGGCGCGCAGCTCAATGCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022590
ATGACGATGACGATGAAGCAAGGGCTTCTAACGTGGAGCCCTTGTCAATGGCCTCACTCGCTCTCTAGGGTTTCTTACTCATCTCTCAAGGCACCTAAATCCGTCAAGCCCAATTCATTTTTCAAAATCTCTGCTTCGATCAATGGCGCGCAGCTCAATGCAGGTGGTTCTATTGGAGAAGATAAAGTTCTTCTGCAGTCATTGCTACCGGAAAACGATCACAAGGAAAGACTGCTCTCTACTTTCATAGTCACAAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808086.1
MTMTMKQGLLTWSPCQWPHSLSRVSYSSLKAPKSVKPNSFFKISASINGAQLNAGGSIGEDKVLLQSLLPENDHKERLLSTFIVTNAIMFAKPLQALAETCEANNSVFDMNMPLLLFFSLIGATVGGLLARQRRGELQRLNEQLRQINSALRRQAKIESYAPSLSYAPSGRIAENEVIVDSRKQDLISRLKNGKNFLRNQDPGRAFSEFKTALELAENLEDSIEAKKAARGLGASLQRQGKYRDAIKYHSMVLEISQREG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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