Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000735`

染色体: Chr04 坐标: 8775932-8778265 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000735`
名称	SmilChr04G000735
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8775932 - 8778265 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022589`
GeneID	`131022589`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022589`
原始查询	`SmilChr04G000735`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
产物	protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
Arabidopsis	`AT2G38100` (AT2G38100) proton-dependent oligopeptide transport (POT) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818388] identity=35.8; qcov=0.904; evalue=3.64e-95; confidence=medium
Rice	`Os03g0719900` (OsPTR8) - identity=29.5; qcov=0.857; evalue=9.28e-56; confidence=low
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00854 (PTR2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057808085.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057808085.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057808085.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808085.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808085.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8776062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr4:8776352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B76,B95,C43
`Chr4:8776797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B52,B75
`Chr4:8776889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B98,C18,C22,C44
`Chr4:8777210`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B108,B27,B47,C43
`Chr4:8777215`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A20,B50,C10,C19,C54,D11
`Chr4:8777418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B28,B5,C3,D6
`Chr4:8777475`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:8777507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B50,C19,C54
`Chr4:8777612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr4:8777897`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B57,C39,C55,C75
`Chr4:8777897`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B57,C39,C55,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808085.1

624 aa

312

624

PTR2

PF00854 PTR2 130-527 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808085.1`	Pfam	`PF00854`	PTR2	Family	130	527	1.7e-34	120.1	POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952102.1
GGGTTCAAGAAACACATGGGGGAAAAGTTGCATTTTTTATGATAAATAATGAAGGGATCAGATTTCGTATCGAAAAAGAAGAAGTAAAGAATGAAAGAATCCTACAAAGCTGGATATTTTTTTCTCTTCAATCATTGTTTCCTTCCCTTTCTTTTTCATACAAAGTCATACAGCAGTCACTCTCCCTGTTTCTTGTGGATTTTCAGCAGAGGTTGATACCAAAAATGCAAAGCTTTGTTAGAATTTCAGCGCTGCTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022589
ATGATAAATAATGAAGGGATCAGATTTCGTATCGAAAAAGAAGAAGTAAAGAATGAAAGAATCCTACAAAGCTGGATATTTTTTTCTCTTCAATCATTGTTTCCTTCCCTTTCTTTTTCATACAAAGTCATACAGCAGTCACTCTCCCTGTTTCTTGTGGATTTTCAGCAGAGGTTGATACCAAAAATGCAAAGCTTTGTTAGAATTTCAGCGCTGCTATGGGCTGACATATTAGTTGCCTACGCCTTTTTTGAGATGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808085.1
MINNEGIRFRIEKEEVKNERILQSWIFFSLQSLFPSLSFSYKVIQQSLSLFLVDFQQRLIPKMQSFVRISALLWADILVAYAFFEMQDYLTTVWKLSYTHAAGILNVWNGISMILPVFFLVVVDTLLGNFKMLLVSSIAYTVGIGLVTMSTPPVLAKSTRSCKGYAPECIGHTQKILFYTGMALIAVGIAGNLVSLKTYLAEQKAEKPDEDDDKENIPRCAELDPLRFCCQIPGAVMVVVVPIVGAIALPYIKPWKLRFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器