Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000739`

染色体: Chr04 坐标: 8997376-8997714 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000739`
名称	SmilChr04G000739
描述	uncharacterized SmilChr04G000739
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8997376 - 8997714 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022955`
GeneID	`131022955`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022955`
原始查询	`SmilChr04G000739`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022955

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808477.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057808477.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808477.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808477.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808477.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8997480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:8997484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr4:8997502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr4:8997502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:8997503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A1,A19,B107,B134,B15,B45,B56,B60,B88,C1,C47,C71
`Chr4:8997546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B114
`Chr4:8997546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:8997550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,D6
`Chr4:8997555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,B93
`Chr4:8997558`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A20,B12,B51,B64,C12,C46,C6,C85
`Chr4:8997612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,D4
`Chr4:8997705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808477.1

112 aa

112

DUF8803

PF31073 DUF8803 36-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808477.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	36	96	1.4e-08	35.1	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952494.1
ATGCTGACGGAGTTAGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACGAGAGTTCCCGGATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAACATTCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACATGAGGTACTCTTGTATGATTCTAAGCTTCGACTTTTTCCTGGCAAGCTGCAGTCTAGATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAATTGGAATGGGACCTATGAGTTGCTTGCGTCGAATGGGTTTACTTTCACTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022955
ATGCTGACGGAGTTAGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACGAGAGTTCCCGGATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAACATTCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACATGAGGTACTCTTGTATGATTCTAAGCTTCGACTTTTTCCTGGCAAGCTGCAGTCTAGATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAATTGGAATGGGACCTATGAGTTGCTTGCGTCGAATGGGTTTACTTTCACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808477.1
MLTELDEWRNEAYESSRIYKERAKKFHDLNIRTKEFKPGHEVLLYDSKLRLFPGKLQSRWRGPYVVHKSNWNGTYELLASNGFTFTVNGHRLKPYFKAELDRNVEVVNFVDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器