Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000743

染色体: Chr04 坐标: 9119151-9123253 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000743
名称SmilChr04G000743
描述aspartic proteinase 36-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9119151 - 9123253 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022598
GeneID131022598
locus_tag-
NCBI NameLOC131022598
原始查询SmilChr04G000743

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartic proteinase 36-like
产物aspartic proteinase 36-like
ArabidopsisAT1G05840 (AT1G05840)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837094]
identity=55.5; qcov=0.881; evalue=8.29e-158; confidence=high
RiceOs02g0473200 (OsAP19)
-
identity=53.5; qcov=0.917; evalue=5.57e-156; confidence=high
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00026 (Asp); PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022598

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808093.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057808094.1
3 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057808093.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808094.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808094.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9119690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B65,B77
Chr4:9119731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D7,D8
Chr4:9119743 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B125
Chr4:9119743 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B125
Chr4:9120614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:9120732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:9121793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr4:9121809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr4:9121863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B55,B67,C85
Chr4:9122361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:9122379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:9122879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B57,C27,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808093.1
487 aa
N
1
244
487
TAXi_N
Asp
TAXi_C
C
PF14543 TAXi_N 81-264 aa PF00026 Asp 81-436 aa PF14541 TAXi_C 282-435 aa
XP_057808094.1
436 aa
N
1
218
436
TAXi_N
Asp
TAXi_C
C
PF14543 TAXi_N 30-213 aa PF00026 Asp 30-385 aa PF14541 TAXi_C 231-384 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808093.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 81 264 3.7e-40 138.7 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057808093.1 Pfam PF00026 Asp Domain 81 436 3.3e-31 109.6 Eukaryotic aspartyl protease
XP_057808093.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 282 435 4.3e-19 69.6 Xylanase inhibitor C-terminal
XP_057808094.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 30 213 2.8e-40 139.1 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057808094.1 Pfam PF00026 Asp Domain 30 385 2.2e-31 110.2 Eukaryotic aspartyl protease
XP_057808094.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 231 384 3.5e-19 69.9 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952111.1
AGAAGAAAACTAGAATAAAGAAGTTATAATATTTAAAAACCGGAGGTAGGAGCAAAAAAAATGGTACTAATACTATTATAATATCCACATGAAAAAGATGAAGTCTTTTCACTGTTTTGATACAAAGAGAAGAATGTCAGTAAATTCTGTCAGTTTGTTTGGAATAAACAGAGAGAGGCACTCACGTCCATGGCGCAAAAGTTCTCATCTGGGAGAATTCTCTTTCAATTTCACAATTCCTAAAAAAGTTGCTAAATTTA...
XM_057952110.1
AAAGAAGTTATAATATTTAAAAACCGGAGGTAGGAGCAAAAAAAATGGTACTAATACTATTATAATATCCACATGAAAAAGATGAAGTCTTTTCACTGTTTTGATACAAAGAGAAGAATGTCAGTAAATTCTGTCAGTTTGTTTGGAATAAACAGAGAGAGGCACTCACGTCCATGGCGCAAAAGTTCTCATCTGGGAGAATTCTCTTTCAATTTCACAATTCCTAAAAAAGTTGCTAAATTTAGACCAAACCCTTTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022598
ATGGATTCTGTTGGGAGGCGATCTTTTGGGGTCTCTTTGATTTTGTTGCTGCTGATTGAGGCGGTGTGTGTGGTGAGGGGGAATGTGGTGTTTGAAGTCCACCACAAGTATGGTAGGGGCGCAAAGGGAAAGGCCCCAATTGGGGTGCTGAAGGCCCATGATTCCAAGCGCCATGGCAGAGTTCTTGCTGGTGTTGATTTTCAGTTGGGTGGCGATGGATCTCCCACAAACACGGCGCTTTACTACACGAAAATTACAAT...
LOC131022598
ATGATTCCAAGCGCCATGGCAGAGTTCTTGCTGGTGTTGATTTTCAGTTGGGTGGCGATGGATCTCCCACAAACACGGCGTAGGCTTTACTACACGAAAATTACAATAGGTACTCCTCCAGTTGACTATCATGTTCAGGTTGATACAGGAAGTGATATTCTATGGGTGAATTGCCATAACTGTGAAAAATGTCCCACAAAAAGTGATCTTGGAATATCCTTGATGCAATATGATATAAAGGCCTCCTCCACTGGACAGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808093.1
MDSVGRRSFGVSLILLLLIEAVCVVRGNVVFEVHHKYGRGAKGKAPIGVLKAHDSKRHGRVLAGVDFQLGGDGSPTNTALYYTKITIGTPPVDYHVQVDTGSDILWVNCHNCEKCPTKSDLGISLMQYDIKASSTGQLITCDQEFCGTVFNSPNPNCKVGMNCEYAVTYGDGSKTEGYFVRDNFKFDQVTGNSQTSAMDGSVAFGCSAKQSGELGSSSQAVDGIVGFGQANTSILSQLSLAGKVKKIFSHCLDSRRGGGI...
XP_057808094.1
MIPSAMAEFLLVLIFSWVAMDLPQTRRRLYYTKITIGTPPVDYHVQVDTGSDILWVNCHNCEKCPTKSDLGISLMQYDIKASSTGQLITCDQEFCGTVFNSPNPNCKVGMNCEYAVTYGDGSKTEGYFVRDNFKFDQVTGNSQTSAMDGSVAFGCSAKQSGELGSSSQAVDGIVGFGQANTSILSQLSLAGKVKKIFSHCLDSRRGGGIFALGEVVHPKVGTAPLVPNQAHYNLILKGVQVGNKNLDLPTGLFGIGPPRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器