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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000745

染色体: Chr04 坐标: 9135609-9140796 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000745
名称SmilChr04G000745
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9135609 - 9140796 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022599
GeneID131022599
locus_tag-
NCBI NameLOC131022599
原始查询SmilChr04G000745

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
ArabidopsisAT2G38100 (AT2G38100)
proton-dependent oligopeptide transport (POT) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818388]
identity=27.2; qcov=1.07; evalue=5e-46; confidence=low
RiceOs03g0823500 (OSJNBb0081B07.12)
-
identity=24.9; qcov=1.06; evalue=5.65e-22; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808095.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057808095.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057808095.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808095.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9135838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:9135860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B134,B65,C11,C69
Chr4:9135928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B65
Chr4:9136003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B44,B47,D7,D8
Chr4:9136033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B98,C18,C44
Chr4:9136060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C11,C69,C84
Chr4:9136182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr4:9136239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B104,B15,C35,C48
Chr4:9136291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr4:9136296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:9136462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B65,B77
Chr4:9136518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B115,B23,B54,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952112.1
GCAACTCTTGCCGGAAAATGTAGGGTCATTTGTCGAGAAATTTATGACTCAGATCTTAGTCTTAGATATGCTTTATGAAATTTTTAAGTTTCTTGAATTTAACACTAAATTTCCACACAAGTACTTTTTTCTTATCTAAATTTTCACTCAAGCAAATCACAATCACACCTAAAGTAAGTCATAATGAGTAACAAATAGTTAATCTAACTTTATTCTTTGCTTCTTCTCCGTTTTGAGCTCTTTTTGGGCTCGAACATATT...
XM_057952113.1
TAGATATGCTTTATGAAATTTTTAAGTTTCTTGAATTTAACACTAAATTTCCACACAAGTACTTTTTTCTTATCTAAATTTTCACTCAAGCAAATCACAATCACACCTAAAGTAAGTCATAATGAGTAACAAATAGTTAATCTAACTTTATTCTTTGCTTCTTCTCCGTTTTGAGCTCTTTTTGGGCTCGAACATATTATTATCTAATATAATCACACGATCATATAAGGAATTGTTTTGTTTTCCTATTTAAGGTAACG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022599
ATGTTCAACTGCATCAGAGATAATGTCAAAGGTTGTCGGATTTTGCAATTGCTGTGGTCCGACACACTAATGCGACGAGCATTTTTTGTTTTGCAACCGTATTTGACGGATGTTTGGAAACTAAGCTTCACTCACGCCGCCGCAATCGTGAATATCTGGGAAGGAACGAGCCTTATGTTGCCCGCCGTCTTTCAGCTCCTCGCCGACAAGTATCTCGGCAATTTCAAGGTGGTCGTCACGTGTACCATATCCTCCACTCT...
LOC131022599
ATGTTCAACTGCATCAGAGATAATGTCAAAGGTTGTCGGATTTTGCAATTGCTGTGGTCCGACACACTAATGCGACGAGCATTTTTTGTTTTGCAACCGTATTTGACGGATGTTTGGAAACTAAGCTTCACTCACGCCGCCGCAATCGTGAATATCTGGGAAGGAACGAGCCTTATGTTGCCCGCCGTCTTTCAGCTCCTCGCCGACAAGTATCTCGGCAATTTCAAGGTGGTCGTCACGTGTACCATATCCTCCACTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808095.1
MFNCIRDNVKGCRILQLLWSDTLMRRAFFVLQPYLTDVWKLSFTHAAAIVNIWEGTSLMLPAVFQLLADKYLGNFKVVVTCTISSTLGLALITMSLPPVLGMGPCKEYEERCVDGGQKGLLYLGVALTAIGRGGLSVSVPCLHDEQSEGGQFFLCGMVQRHGSTAENLVVYAVGLVIISVISSWTFRFGFPAIFATFVTLSFLGWWSSYKKAPPKRKGSLLATLFKVFIAPRSRRSGEENEASPEESSFLRHISGISINF...
XP_057808096.1
MFNCIRDNVKGCRILQLLWSDTLMRRAFFVLQPYLTDVWKLSFTHAAAIVNIWEGTSLMLPAVFQLLADKYLGNFKVVVTCTISSTLGLALITMSLPPVLGMGPCKEYEERCVDGGQKGLLYLGVALTAIGRGGLSVSVPCLHDEQSEGGQFFLCGMVQRHGSTAENLVVYAVGLVIISVISSWTFRFGFPAIFATFVTLSFLGWWSSYKKAPPKRKGSLLATLFKVFIAPRSRSGEENEASPEESSFLRHISGISINFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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