当前解析结果
SmilChr04G000761| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000761 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000761 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000761 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9279966 - 9283879 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022958 |
|---|---|
| GeneID | 131022958 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022958 |
| 原始查询 | SmilChr04G000761 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=26.5; qcov=0.152; evalue=7.71e-11; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=30.9; qcov=0.381; evalue=7.89e-59; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022958 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808481.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808481.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808481.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808481.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808481.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9279979 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,B52 |
Chr4:9279989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr4:9279996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B27,C43 |
Chr4:9280041 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B52,B72,B79,C71 |
Chr4:9280045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B134,B24,B52,B65,B77 |
Chr4:9280048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr4:9280063 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B59,C15 |
Chr4:9280076 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | B21,B36,B61,B72,B92,C29,C40,C5,C71 |
Chr4:9280078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C35,D11 |
Chr4:9280118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr4:9280131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A3,B137,B69,C41,C67 |
Chr4:9280133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,B76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808481.1PF00078
RVT_1 408-567 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 630-728 aa
PF17917
RT_RNaseH 657-757 aa
PF13456
RVT_3 793-893 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808481.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 408 | 567 | 9.9e-33 | 114.4 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808481.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 630 | 728 | 9.7e-21 | 74.4 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808481.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 657 | 757 | 1.2e-15 | 58.2 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808481.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 793 | 893 | 1.3e-08 | 35.6 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。