Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000762

染色体: Chr04 坐标: 9302998-9308636 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000762
名称SmilChr04G000762
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g33350
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9302998 - 9308636 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022615
GeneID131022615
locus_tag-
NCBI NameLOC131022615
原始查询SmilChr04G000762

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g33350
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g33350
ArabidopsisAT1G33350 (AT1G33350)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840229]
identity=51.1; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0439300
-
identity=35.1; qcov=0.926; evalue=1.39e-102; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808105.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808105.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808105.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808105.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808105.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9306820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C85
Chr4:9306830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C57,C64,C66,D10
Chr4:9306887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr4:9306907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:9306931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C19,C54
Chr4:9306940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B65,B77,B84
Chr4:9306971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C69,C84
Chr4:9307006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B62,B63
Chr4:9307017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:9307018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:9307025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr4:9307037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B17,B58,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808105.1
538 aa
N
1
269
538
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13812 PPR_3 70-116 aa PF12854 PPR_1 171-201 aa PF01535 PPR 176-203 aa PF01535 PPR 211-238 aa PF13812 PPR_3 308-359 aa PF13041 PPR_2 311-360 aa PF01535 PPR 313-340 aa PF01535 PPR 351-377 aa PF01535 PPR 387-413 aa PF20431 E_motif 435-493 aa
XP_057808106.1
538 aa
N
1
269
538
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13812 PPR_3 70-116 aa PF12854 PPR_1 171-201 aa PF01535 PPR 176-203 aa PF01535 PPR 211-238 aa PF13812 PPR_3 308-359 aa PF13041 PPR_2 311-360 aa PF01535 PPR 313-340 aa PF01535 PPR 351-377 aa PF01535 PPR 387-413 aa PF20431 E_motif 435-493 aa
XP_057808107.1
538 aa
N
1
269
538
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13812 PPR_3 70-116 aa PF12854 PPR_1 171-201 aa PF01535 PPR 176-203 aa PF01535 PPR 211-238 aa PF13812 PPR_3 308-359 aa PF13041 PPR_2 311-360 aa PF01535 PPR 313-340 aa PF01535 PPR 351-377 aa PF01535 PPR 387-413 aa PF20431 E_motif 435-493 aa
XP_057808108.1
538 aa
N
1
269
538
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13812 PPR_3 70-116 aa PF12854 PPR_1 171-201 aa PF01535 PPR 176-203 aa PF01535 PPR 211-238 aa PF13812 PPR_3 308-359 aa PF13041 PPR_2 311-360 aa PF01535 PPR 313-340 aa PF01535 PPR 351-377 aa PF01535 PPR 387-413 aa PF20431 E_motif 435-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808105.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 70 116 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808105.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 171 201 2.6e-32 111.0 PPR repeat
XP_057808105.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808105.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 211 238 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808105.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 308 359 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808105.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 360 8.2e-39 132.2 PPR repeat family
XP_057808105.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 313 340 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808105.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 377 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808105.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 413 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808105.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 435 493 3.3e-10 40.8 E motif
XP_057808106.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 70 116 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808106.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 171 201 2.6e-32 111.0 PPR repeat
XP_057808106.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808106.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 211 238 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808106.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 308 359 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808106.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 360 8.2e-39 132.2 PPR repeat family
XP_057808106.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 313 340 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808106.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 377 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808106.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 413 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808106.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 435 493 3.3e-10 40.8 E motif
XP_057808107.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 70 116 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808107.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 171 201 2.6e-32 111.0 PPR repeat
XP_057808107.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808107.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 211 238 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808107.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 308 359 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808107.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 360 8.2e-39 132.2 PPR repeat family
XP_057808107.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 313 340 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808107.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 377 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808107.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 413 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808107.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 435 493 3.3e-10 40.8 E motif
XP_057808108.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 70 116 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808108.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 171 201 2.6e-32 111.0 PPR repeat
XP_057808108.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808108.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 211 238 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808108.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 308 359 1e-17 64.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808108.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 311 360 8.2e-39 132.2 PPR repeat family
XP_057808108.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 313 340 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808108.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 377 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808108.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 413 2.3e-44 147.3 PPR repeat
XP_057808108.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 435 493 3.3e-10 40.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952125.1
TAAAAGCCCATATTGATATTGAGCCTAATGTATGAAGTTTGGGCCTACTTAAACGAATGGTTAATGTATTAATCATTTAGATATTTTGTTATCCAATTACTTGACCCATTTTTCACCTTTCACATTCGAGTCCGGCAACAAGTTTCTAAGTTGACGAAACAAACGTCCTACACCACCAACACAAGGTTGAGCTAGTGATGGAATAGAGTGGAGTTGAGCGGATGTACCTTTTTGTCATGAACAACTTCAACAGACATGTA...
XM_057952124.1
GCCCATATTGATATTGAGCCTAATGTATGAAGTTTGGGCCTACTTAAACGAATGGTTAATGTATTAATCATTTAGATATTTTGTTATCCAATTACTTGACCCATTTTTCACCTTTCACATTCGAGTCCGGCAACAAGTTTCTAAGTTGACGAAACAAACGTCCTACACCACCAACACAAGACTGTGTGTCGCTTGCGACCGGTCTTGGCGTCCGTGGAAGGAGGCCCCTTCCCGGCGCGTGACAGGCAGATATGGATCAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022615
ATGTACCTTTTTGTCATGAACAACTTCAACAGACATGTATCCGCGATCCTCGACAAATGCAGCAACCTCAATCACCTCAAACAACTCCACGCCCATATCATTACTCTCGGGCACGGCCCCATCCACTTCTACGCCTTAAAGCTCATACGCTTCTGCGCCAACCGGGACCTTGCTTACGCACGCCACATTTTCGACAAATTCCCCACGCCCAATATCTACCTTTACACGACGATTGTTGCCGCCTCTGCTCGGGCGTCCGA...
LOC131022615
ATGTACCTTTTTGTCATGAACAACTTCAACAGACATGTATCCGCGATCCTCGACAAATGCAGCAACCTCAATCACCTCAAACAACTCCACGCCCATATCATTACTCTCGGGCACGGCCCCATCCACTTCTACGCCTTAAAGCTCATACGCTTCTGCGCCAACCGGGACCTTGCTTACGCACGCCACATTTTCGACAAATTCCCCACGCCCAATATCTACCTTTACACGACGATTGTTGCCGCCTCTGCTCGGGCGTCCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057808105.1
MYLFVMNNFNRHVSAILDKCSNLNHLKQLHAHIITLGHGPIHFYALKLIRFCANRDLAYARHIFDKFPTPNIYLYTTIVAASARASDHTAAVLIYRDMVRQNRSRPNEYMFSIILKSWPEVARGYGVEMVQAQIIKLGFYGYPIVQTAVLDAYARCGVEIGVARKVFDEMLERSVVSWTAMISGYTRVGRVWDAIVLFEEMPEGIRDAPFWNSIIAGCVQNGLFSEAIEFFKRMVVEGGVNRPNQGTVVCVLSALGHSGM...
XP_057808106.1
MYLFVMNNFNRHVSAILDKCSNLNHLKQLHAHIITLGHGPIHFYALKLIRFCANRDLAYARHIFDKFPTPNIYLYTTIVAASARASDHTAAVLIYRDMVRQNRSRPNEYMFSIILKSWPEVARGYGVEMVQAQIIKLGFYGYPIVQTAVLDAYARCGVEIGVARKVFDEMLERSVVSWTAMISGYTRVGRVWDAIVLFEEMPEGIRDAPFWNSIIAGCVQNGLFSEAIEFFKRMVVEGGVNRPNQGTVVCVLSALGHSGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器