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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000768

染色体: Chr04 坐标: 9421132-9426053 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000768
名称SmilChr04G000768
描述auxin transporter-like protein 2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9421132 - 9426053 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022620
GeneID131022620
locus_tag-
NCBI NameLOC131022620
原始查询SmilChr04G000768

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin transporter-like protein 2
产物auxin transporter-like protein 2
ArabidopsisAT2G38120 (AUX1)
Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818390]
identity=87; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0856500 (OsLAX1)
-
identity=81.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01490 (Aa_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808110.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808110.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808110.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808110.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808110.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9422078 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C60
Chr4:9422078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr4:9422295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr4:9422798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:9422799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:9422806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C82,C9
Chr4:9423362 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C58
Chr4:9423362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr4:9423404 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C7
Chr4:9423404 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C7
Chr4:9423917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C48
Chr4:9423983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 D11,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808110.1
486 aa
N
1
243
486
Aa_trans
C
PF01490 Aa_trans 46-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808110.1 Pfam PF01490 Aa_trans Domain 46 439 7.3e-88 295.7 Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952127.1
TTTTTTTTTTTTTTAATATTTCTTTCCTGCTGTAAATAGTGTTATAGCTATTGGAAACAGGGCTGTTTTTATTGTGAGAGGGTCCTATGTTAAGGAGACATGTTTTGATTTTGAGTGAAAACTAAAACCCAAAAATCTCTCGATTCTCTCTTTATCCTCGGATTTCAACAACTCAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAACAATAGCATTACGATTTGCAAAAAATAAAATAGAAATATAGGAAAATGCGAAAAGAGTAAAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022620
ATGTCGACGCAGAGGCAAGCAGAGGAAGCGATTGTCTCCAGCTTGAACGAAACCGAACACGACGGCGGCGGCGGCAAGGACGATGAGGAGAAGGCGGAGGACCACTCCGTTTTCAGCATGAGTAACTTCCTCTGGCACGGCGGCTCCGCCTGGGACGCCTGGTTCAGCTGCTCCTCCAATCAAGTTGCGCAAGTGCTGCTCACACTTCCATACTCGTTTTCTCAACTCGGTATGGTGTCTGGAATTGTTTTCCAAATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808110.1
MSTQRQAEEAIVSSLNETEHDGGGGKDDEEKAEDHSVFSMSNFLWHGGSAWDAWFSCSSNQVAQVLLTLPYSFSQLGMVSGIVFQIFYGLVGSWTAYLISVLYIEYRSRKEKEGVSFKNHVIQWFEVLDGLLGPYWKAMGLAFNCTFLLFGSVIQLIACASNIYYINDHLDKRTWTYIFGACCATTVFIPSFHNYRIWSFLGLGMTTYTAWYLTAASLAHGQAQDVQHTGPKKLVLYFTGATNILYTFGGHAVTVEIMHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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