当前解析结果
SmilChr04G000768| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000768 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000768 |
| 描述 | auxin transporter-like protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9421132 - 9426053 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022620 |
|---|---|
| GeneID | 131022620 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022620 |
| 原始查询 | SmilChr04G000768 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin transporter-like protein 2 |
| 产物 | auxin transporter-like protein 2 |
| Arabidopsis | AT2G38120 (AUX1)Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818390] identity=87; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0856500 (OsLAX1)- identity=81.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01490 (Aa_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022620 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057808110.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808110.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808110.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808110.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808110.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9422078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C60 |
Chr4:9422078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr4:9422295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr4:9422798 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr4:9422799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C75 |
Chr4:9422806 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,C82,C9 |
Chr4:9423362 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C58 |
Chr4:9423362 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr4:9423404 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C7 |
Chr4:9423404 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr4:9423917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C48 |
Chr4:9423983 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | D11,D7,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808110.1PF01490
Aa_trans 46-439 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808110.1 |
Pfam | PF01490 |
Aa_trans | Domain | 46 | 439 | 7.3e-88 | 295.7 | Transmembrane amino acid transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。