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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000769

染色体: Chr04 坐标: 9429957-9431777 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000769
名称SmilChr04G000769
描述uncharacterized SmilChr04G000769
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9429957 - 9431777 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022960
GeneID131022960
locus_tag-
NCBI NameLOC131022960
原始查询SmilChr04G000769

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808483.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808483.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057808483.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057808483.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808483.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9429963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr4:9429976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C34
Chr4:9429980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C34
Chr4:9430004 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B80,C85
Chr4:9430014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr4:9430098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B114,B18
Chr4:9430131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B87
Chr4:9430134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,B93,C10
Chr4:9430164 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B106,B26,B31,B66,C39
Chr4:9430164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B26,B31,B66,C39
Chr4:9430223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B72
Chr4:9430238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B45,B5,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952500.1
ATGCCACGTTCTTCTCGTACATGCGTATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAAGACTGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGATATCCAATTCTGCTCCACCGAGTCTTGAGGATCAAGAAGAAATTGAAGATCCAATGGGTGATCGTAACAATAGGGATGAAGAGAACGATAGAGAGATCGTTGATCCTCGACAGGAACCACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAACAATCGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022960
ATGCCACGTTCTTCTCGTACATGCGTATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAAGACTGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGATATCCAATTCTGCTCCACCGAGTCTTGAGGATCAAGAAGAAATTGAAGATCCAATGGGTGATCGTAACAATAGGGATGAAGAGAACGATAGAGAGATCGTTGATCCTCGACAGGAACCACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAACAATCGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808483.1
MPRSSRTCVLVFDPEIEKTARKLKKQAKEWKKISNSAPPSLEDQEEIEDPMGDRNNRDEENDREIVDPRQEPPQLIRELGRHRNNRPLCIVLHAINGNAEIRPGFIQVLPKFGDLPGESAHKHLAEFDLVCSTLRPHGFTENNLRLLTFSHTLQGRARDWLFDLPPGSIRTWGDLEEQFLRKFFPESRAANLRMAISSIKQKKAESLADYWERFQQLCRKCPDHGFSDYQLLTNYFYRGMSSFDRKIVDAACGGSLTNKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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