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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000774

染色体: Chr04 坐标: 9494444-9496501 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000774
名称SmilChr04G000774
描述uncharacterized SmilChr04G000774
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9494444 - 9496501 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022965
GeneID131022965
locus_tag-
NCBI NameLOC131022965
原始查询SmilChr04G000774

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=27.7; qcov=0.2; evalue=7.91e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022965

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808488.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808488.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057808488.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057808488.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057808488.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9494474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,B65
Chr4:9494484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B51,B56,B87,C38,C40
Chr4:9494488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B115,B133,B33
Chr4:9494496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B133,B20
Chr4:9494497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C44
Chr4:9494498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr4:9494535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B60
Chr4:9494541 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B60
Chr4:9494541 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B60
Chr4:9494555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr4:9494575 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A15,B102,B121,B122,B136,B138,B139,B34,C28,C31,C37,C85
Chr4:9494622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B76,C20,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952505.1
ATGGCAGCAGTAAATCAAAGGAGTATGAGGGATTTTGCTCGTCCGGTGGTTGAACCGAAAACCTCTAGTATAGTTCTTGGAGATGCTGCTAAGAATTATGTGCTCAAGCCTATGCATTTTAGCCAGCTACCTTCTTTCTATGGAATGCCTTCAGAAGATGCATTGAACTTCATCAGAGAGTTCTATTCTGTGGTTACTGATTTTCCTCCACAAGGACTCAACACGGATCAATTGAAGATGAAGTGTTTTCCATACACTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022965
ATGGCAGCAGTAAATCAAAGGAGTATGAGGGATTTTGCTCGTCCGGTGGTTGAACCGAAAACCTCTAGTATAGTTCTTGGAGATGCTGCTAAGAATTATGTGCTCAAGCCTATGCATTTTAGCCAGCTACCTTCTTTCTATGGAATGCCTTCAGAAGATGCATTGAACTTCATCAGAGAGTTCTATTCTGTGGTTACTGATTTTCCTCCACAAGGACTCAACACGGATCAATTGAAGATGAAGTGTTTTCCATACACTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808488.1
MAAVNQRSMRDFARPVVEPKTSSIVLGDAAKNYVLKPMHFSQLPSFYGMPSEDALNFIREFYSVVTDFPPQGLNTDQLKMKCFPYTLKDKAKVWFMSLEPNSLRNWDAVYEKFMAKYYSNQKTQELRAQIVTFAQNSGETFHEAWDRFRSLQRQCPHHHLPPALLNQFFYDGLAQNFQYMVDNAAGGDIGNRTAEEVNNIFETMASNSQQKSARGGRRAAVNEATPSYDVTRQLAELTRQVELLRVKDSKSQQVMSVETC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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