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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000785`

染色体: Chr04 坐标: 9652815-9655416 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000785`
名称	SmilChr04G000785
描述	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	9652815 - 9655416 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022632`
GeneID	`131022632`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022632`
原始查询	`SmilChr04G000785`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase AIRP2-like
Arabidopsis	`AT5G01520` (AIRP2) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831747] identity=72; qcov=0.992; evalue=2.69e-134; confidence=high
Rice	`Os07g0661600` (OsRFPHC-4) - identity=67.1; qcov=0.996; evalue=8.41e-127; confidence=high
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13920 (zf-C3HC4_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808122.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808122.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808122.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808122.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:9653045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:9653056`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:9653091`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:9653162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B73,C19,C41,D2
`Chr4:9653492`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B34
`Chr4:9653492`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B34
`Chr4:9653494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr4:9653663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B103,B73,C77
`Chr4:9653810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B66,C13,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808122.1

241 aa

120

241

zf-C3HC4_3

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF13920 zf-C3HC4_3 143-189 aa PF13639 zf-RING_2 145-184 aa PF00097 zf-C3HC4 146-183 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808122.1`	Pfam	`PF13920`	zf-C3HC4_3	Domain	143	189	2.5e-09	37.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057808122.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	145	184	6.7e-08	33.4	Ring finger domain
`XP_057808122.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	146	183	1.2e-05	25.8	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952139.1
GGGCCCCTTTTTTTGAGGCAAGCTTTAGATTGCGTTAAATTAGGCAAAACTAACACGGCAGCCCACCTAACACACACACTAATTAATTTTTATTTTTAATAAATAAACTATTTAATCTAAGAAGAGTGCAGTAATTGAAGCGTGCGGTCCAAGCGAAGCTGCCATCACTGTTTCAGTAACCTCTGATGTGTGGTGACTCTCTCTGTGTGTAGTGTGTGCAACTCCCAAAACCCCCTCTGCAAAAACTTTTATCTGAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022632
ATGAGGAAGTCTTTTAAAGATTCACTCAAAGCGCTTGAAGCTGATATCCAGCATGCCAACACCTTGGCATCAGATTATCCGAGGGCGTATGATGGCGCCTGCCTTCAGATGAGACTATCGTATAGCCCTTGCGCACATATTTTCCTCTTCCTTATTCAATGGACTGATTGTCACCTAGCTGGTGCGCTCGGGCTGATTAGGATCCTTATTTACAAGGCTTATGGTAATGGTAAGACAACCATGTCTATTCATGAAAGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808122.1
MRKSFKDSLKALEADIQHANTLASDYPRAYDGACLQMRLSYSPCAHIFLFLIQWTDCHLAGALGLIRILIYKAYGNGKTTMSIHERKASLREFYGVIFPSLLQLHNGITDAEERKQRELCETKYTRRDEMSKGKLSEIEIEREEECGICMEMSTKVVLPRCSHSLCIKCYRDWRAKSQSCPFCRDSLNRMNSGELWIYTSNCDITDLSTIAKENLKRLVVYIEKLPLVVPNPMVVSYDPHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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