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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000787

染色体: Chr04 坐标: 9678829-9683603 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000787
名称SmilChr04G000787
描述protein root UVB sensitive 5
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9678829 - 9683603 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022634
GeneID131022634
locus_tag-
NCBI NameLOC131022634
原始查询SmilChr04G000787

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein root UVB sensitive 5
产物protein root UVB sensitive 5
ArabidopsisAT5G01510 (RUS5)
root UVB sensitive protein (Protein of unknown function, DUF647) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831819]
identity=64.7; qcov=0.966; evalue=2.35e-180; confidence=high
RiceOs01g0141600 (OsRUS5)
-
identity=81.1; qcov=0.552; evalue=1.58e-129; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04884 (UVB_sens_prot); PF24160 (UVB_sens_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057808125.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057808125.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.80000 XP_057808127.1
4 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.60000 XP_057808127.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057808127.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9679929 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A3
Chr4:9679929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr4:9680243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:9681619 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:9681733 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B76,C11
Chr4:9681733 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B76,C11
Chr4:9682499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B108,B27,C43
Chr4:9682821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr4:9683225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:9683356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B29
Chr4:9683366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808125.1
499 aa
N
1
250
499
UVB_sens_prot
UVB_sens_C
C
PF04884 UVB_sens_prot 103-340 aa PF24160 UVB_sens_C 346-481 aa
XP_057808126.1
461 aa
N
1
230
461
UVB_sens_prot
UVB_sens_C
C
PF04884 UVB_sens_prot 103-291 aa PF24160 UVB_sens_C 308-443 aa
XP_057808127.1
411 aa
N
1
206
411
UVB_sens_prot
UVB_sens_C
C
PF04884 UVB_sens_prot 15-252 aa PF24160 UVB_sens_C 258-393 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808125.1 Pfam PF04884 UVB_sens_prot Domain 103 340 2.3e-67 227.8 Vitamin B6 photo-protection and homoeostasis domain
XP_057808125.1 Pfam PF24160 UVB_sens_C Domain 346 481 1.8e-08 35.6 Root UVB sensitive protein, C-terminal
XP_057808126.1 Pfam PF04884 UVB_sens_prot Domain 103 291 1.5e-58 199.0 Vitamin B6 photo-protection and homoeostasis domain
XP_057808126.1 Pfam PF24160 UVB_sens_C Domain 308 443 1.4e-08 35.9 Root UVB sensitive protein, C-terminal
XP_057808127.1 Pfam PF04884 UVB_sens_prot Domain 15 252 1.5e-67 228.5 Vitamin B6 photo-protection and homoeostasis domain
XP_057808127.1 Pfam PF24160 UVB_sens_C Domain 258 393 1.1e-08 36.3 Root UVB sensitive protein, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952142.1
AAAAAAAACAAACAAATTTCGAATAAATATCGACTCTTTCTCTCACCAGTCATCACCCATTCATTCTCAGGAGAAGACCATCCCGCTAAATTCAAGCGACAGCGAAAAGAAAAAGTTATAATTCAAAATGGCTTCCGCGCTGCGGTTGAGCTGCCAGAGCTTCAACTTTAGCTCCTGGCAGAGTCCGGCGAGAGTTGATCGGTTTCAGATTTTGTGCAGCAATCTACCCCATTCAGCCGGAGCAGGAGACTCACAATGTA...
XM_057952143.1
AAAAAAAACAAACAAATTTCGAATAAATATCGACTCTTTCTCTCACCAGTCATCACCCATTCATTCTCAGGAGAAGACCATCCCGCTAAATTCAAGCGACAGCGAAAAGAAAAAGTTATAATTCAAAATGGCTTCCGCGCTGCGGTTGAGCTGCCAGAGCTTCAACTTTAGCTCCTGGCAGAGTCCGGCGAGAGTTGATCGGTTTCAGATTTTGTGCAGCAATCTACCCCATTCAGCCGGAGCAGGAGACTCACAATGTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022634
ATGGCTTCCGCGCTGCGGTTGAGCTGCCAGAGCTTCAACTTTAGCTCCTGGCAGAGTCCGGCGAGAGTTGATCGGTTTCAGATTTTGTGCAGCAATCTACCCCATTCAGCCGGAGCAGGAGACTCACAATGTATAAAGGAGGAAAATGAAGCGCGATTCGTTTTGCTGGAGAAATACGGTAATGGCACATCCAAACGATTTATTTTAGAATCTGATCTGCAAATTAGAACCATTCTCGAGGATGGTTCGGCCCAAACTAA...
LOC131022634
ATGGCTTCCGCGCTGCGGTTGAGCTGCCAGAGCTTCAACTTTAGCTCCTGGCAGAGTCCGGCGAGAGTTGATCGGTTTCAGATTTTGTGCAGCAATCTACCCCATTCAGCCGGAGCAGGAGACTCACAATGTATAAAGGAGGAAAATGAAGCGCGATTCGTTTTGCTGGAGAAATACGGTAATGGCACATCCAAACGATTTATTTTAGAATCTGATCTGCAAATTAGAACCATTCTCGAGGATGGTTCGGCCCAAACTAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057808125.1
MASALRLSCQSFNFSSWQSPARVDRFQILCSNLPHSAGAGDSQCIKEENEARFVLLEKYGNGTSKRFILESDLQIRTILEDGSAQTNVMQNSDAVGTDIYLSWLPKTIKDFILPAGFPDSVSDDYLEYILLQFPTNVTGWICHTLVTSTLLKAVGVGSFSGTTAAASAAAIRWVSKDGIGALGRLFIGGRFGNLFDDDPKQWRLYADFVGSAGSIFDLSTQLYPAYFLPLASLGNLAKAVGRGLRDPSFRVIQNHFAISG...
XP_057808126.1
MASALRLSCQSFNFSSWQSPARVDRFQILCSNLPHSAGAGDSQCIKEENEARFVLLEKYGNGTSKRFILESDLQIRTILEDGSAQTNVMQNSDAVGTDIYLSWLPKTIKDFILPAGFPDSVSDDYLEYILLQFPTNVTGWICHTLVTSTLLKAVGVGSFSGTTAAASAAAIRWVSKDGIGALGRLFIGGRFGNLFDDDPKQWRLYADFVGSAGSIFDLSTQLYPAYFLPLASLGNLAKAVGRGLRDPSFRVIQNHFAISG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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