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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000788

染色体: Chr04 坐标: 9684923-9688585 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000788
名称SmilChr04G000788
描述thylakoid ADP,ATP carrier protein, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9684923 - 9688585 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022636
GeneID131022636
locus_tag-
NCBI NameLOC131022636
原始查询SmilChr04G000788

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thylakoid ADP,ATP carrier protein, chloroplastic
产物thylakoid ADP%2CATP carrier protein%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G51870 (AT3G51870)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824350]
identity=69.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0265200 (OsPAPST1)
-
identity=75.2; qcov=0.82; evalue=1.46e-167; confidence=high
GOGO:0005347 (ATP transmembrane transporter activity); GO:0042651 (thylakoid membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808129.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057808129.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057808129.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057808129.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057808129.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9686157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr4:9686190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr4:9686196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr4:9686428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:9687209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B48
Chr4:9687215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B84
Chr4:9688212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B14,B34
Chr4:9688409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B74,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808129.1
378 aa
N
1
189
378
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 80-172 aa PF00153 Mito_carr 175-263 aa PF00153 Mito_carr 271-351 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808129.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 80 172 1.1e-71 237.3 Mitochondrial carrier protein
XP_057808129.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 175 263 1.1e-71 237.3 Mitochondrial carrier protein
XP_057808129.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 271 351 1.1e-71 237.3 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952146.1
ATATAACGATGTACCTGACAAAACCGACAAGAGAAGAAATAGTGCAATATAAACCCCAACGCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGACACCTTATCTGAACAGAGGGAAACAGCGCTTAAACCCCTCTTCGAAAAATGAGCGATAATTCTCAAGCCACATTGAGATGGCGGGAAATTCCGGGGCTTGACCCGAACCGCTCGGGCGGGCTCCGCCTCCCCCAATGCAAAACCACACGGTTCGGCGATGGCAGAGGGCCTAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022636
ATGAGCGATAATTCTCAAGCCACATTGAGATGGCGGGAAATTCCGGGGCTTGACCCGAACCGCTCGGGCGGGCTCCGCCTCCCCCAATGCAAAACCACACGGTTCGGCGATGGCAGAGGGCCTAATTTTGCTTGTATTTCGCTCGCCGAGAAGAGGGAGGAGAAGGAGTTCTCGCCGTCGTTCGATCAGATTCTGAAGCATCCACTCACTATGGTTGCATTGGTCCCCAAAGACGCCGCTCTCTTCGCCGCCGGGGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808129.1
MSDNSQATLRWREIPGLDPNRSGGLRLPQCKTTRFGDGRGPNFACISLAEKREEKEFSPSFDQILKHPLTMVALVPKDAALFAAGAIAGAAAKTVTAPLDRIKLLMQTHGLRAGQVGAKKGIGFVEAISLIGKEEGLKGYWKGNLPQVIRIIPYSAVQLFAYESYKKLFRGKDGELSLLGRLAAGACAGMTSTFVTYPLDVLRLRLAVEPGYRTMSQVAANMLREEGFASFYNGLGPSLIGIAPYIAVNFCVFDLVKKAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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