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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000792

染色体: Chr04 坐标: 9792188-9795654 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000792
名称SmilChr04G000792
描述GDSL esterase/lipase WDL1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9792188 - 9795654 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022640
GeneID131022640
locus_tag-
NCBI NameLOC131022640
原始查询SmilChr04G000792

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase WDL1-like
产物GDSL esterase/lipase WDL1-like
ArabidopsisAT3G11210 (AT3G11210)
SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820291]
identity=58.6; qcov=0.97; evalue=3.79e-111; confidence=high
RiceOs11g0708400 (OsGELP112)
-
identity=61.8; qcov=0.962; evalue=1.01e-113; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022640

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808132.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808132.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808132.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808132.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808132.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9792312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B52
Chr4:9792701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:9793074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C47
Chr4:9793133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B26,B39,C4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808132.1
265 aa
N
1
132
265
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL_2
C
PF00657 Lipase_GDSL 10-203 aa PF13472 Lipase_GDSL_2 11-198 aa
XP_057808133.1
264 aa
N
1
132
264
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL_2
C
PF00657 Lipase_GDSL 10-202 aa PF13472 Lipase_GDSL_2 11-197 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808132.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 10 203 4.8e-24 86.4 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057808132.1 Pfam PF13472 Lipase_GDSL_2 Domain 11 198 2.2e-24 87.7 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family
XP_057808133.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 10 202 1.2e-23 85.1 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057808133.1 Pfam PF13472 Lipase_GDSL_2 Domain 11 197 7.1e-24 86.0 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952149.1
AAAGCACAGTGCACACTCACTACTCTCTTGCGCTCTCTCTCTCTATCACTCACACACACGGTCTCTCTCTCGCAAACACAGTCGGAGGTGAGAAGAGATGGTCGGGCCGGGGCGGCCGCAGTTTGTGCTATTCGGCTCGTCGATAGTTCAGCAGAGTTTCTCCAATGGAGGATGGGGTGCTATTCTTACTGATCTCTACGACCGTAAGGCAGACATAGTGCTGCGAGGATATTCCGGATGGAATTCGAGGCGCGCTGTTC...
XM_057952150.1
AAGCACAGTGCACACTCACTACTCTCTTGCGCTCTCTCTCTCTATCACTCACACACACGGTCTCTCTCTCGCAAACACAGTCGGAGGTGAGAAGAGATGGTCGGGCCGGGGCGGCCGCAGTTTGTGCTATTCGGCTCGTCGATAGTTCAGCAGAGTTTCTCCAATGGAGGATGGGGTGCTATTCTTACTGATCTCTACGACCGTAAGGCAGACATAGTGCTGCGAGGATATTCCGGATGGAATTCGAGGCGCGCTGTTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022640
ATGGTCGGGCCGGGGCGGCCGCAGTTTGTGCTATTCGGCTCGTCGATAGTTCAGCAGAGTTTCTCCAATGGAGGATGGGGTGCTATTCTTACTGATCTCTACGACCGTAAGGCAGACATAGTGCTGCGAGGATATTCCGGATGGAATTCGAGGCGCGCTGTTCAAGTATTGGACCTAATTTTCCCAAAGGAAGCAGAGGTTCAGCCTTCTCTGGTAATAGTGTATTTTGGTGGGAATGATGCAGTGCACCCTCATCCTAG...
LOC131022640
ATGGTCGGGCCGGGGCGGCCGCAGTTTGTGCTATTCGGCTCGTCGATAGTTCAGCAGAGTTTCTCCAATGGAGGATGGGGTGCTATTCTTACTGATCTCTACGACCGTAAGGCAGACATAGTGCTGCGAGGATATTCCGGATGGAATTCGAGGCGCGCTGTTCAAGTATTGGACCTAATTTTCCCAAAGGAAGCAGAGGTTCAGCCTTCTCTGGTAATAGTGTATTTTGGTGGGAATGATGCAGTGCACCCTCATCCTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808132.1
MVGPGRPQFVLFGSSIVQQSFSNGGWGAILTDLYDRKADIVLRGYSGWNSRRAVQVLDLIFPKEAEVQPSLVIVYFGGNDAVHPHPSGLGVHVPLPEYIDNMKKIHFHLRSLSDKTRAIFLTSPPINEALIREHFGSLHDNQVRKNETCRRYAEALVDSCKQLNTKVVNLWTALQQRQDWATTCFTDGIHFTPEGSQIVVKEILKVIEEADWEPSLFWVSMPIELAEDSPYYMVHPNDKGKTINASYGISSWKIKWTADN...
XP_057808133.1
MVGPGRPQFVLFGSSIVQQSFSNGGWGAILTDLYDRKADIVLRGYSGWNSRRAVQVLDLIFPKEAEVQPSLVIVYFGGNDAVHPHPSGLGVHVPLPEYIDNMKKIHFHLRSLSDKTRAIFLTSPPINEALIREHFGLHDNQVRKNETCRRYAEALVDSCKQLNTKVVNLWTALQQRQDWATTCFTDGIHFTPEGSQIVVKEILKVIEEADWEPSLFWVSMPIELAEDSPYYMVHPNDKGKTINASYGISSWKIKWTADNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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