当前解析结果
SmilChr04G000792| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000792 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000792 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase WDL1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9792188 - 9795654 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022640 |
|---|---|
| GeneID | 131022640 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022640 |
| 原始查询 | SmilChr04G000792 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase WDL1-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase WDL1-like |
| Arabidopsis | AT3G11210 (AT3G11210)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820291] identity=58.6; qcov=0.97; evalue=3.79e-111; confidence=high |
| Rice | Os11g0708400 (OsGELP112)- identity=61.8; qcov=0.962; evalue=1.01e-113; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022640 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808132.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808132.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808132.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808132.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808132.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9792312 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,B52 |
Chr4:9792701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:9793074 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C47 |
Chr4:9793133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B26,B39,C4,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808132.1PF00657
Lipase_GDSL 10-203 aa
PF13472
Lipase_GDSL_2 11-198 aa
XP_057808133.1PF00657
Lipase_GDSL 10-202 aa
PF13472
Lipase_GDSL_2 11-197 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808132.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 10 | 203 | 4.8e-24 | 86.4 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057808132.1 |
Pfam | PF13472 |
Lipase_GDSL_2 | Domain | 11 | 198 | 2.2e-24 | 87.7 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family |
XP_057808133.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 10 | 202 | 1.2e-23 | 85.1 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057808133.1 |
Pfam | PF13472 |
Lipase_GDSL_2 | Domain | 11 | 197 | 7.1e-24 | 86.0 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。