当前解析结果
SmilChr04G000803| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000803 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000803 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase CPRD49-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9892678 - 9895327 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022648 |
|---|---|
| GeneID | 131022648 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022648 |
| 原始查询 | SmilChr04G000803 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase CPRD49-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase CPRD49-like |
| Arabidopsis | AT3G11210 (AT3G11210)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820291] identity=59.2; qcov=0.988; evalue=7.07e-113; confidence=high |
| Rice | Os11g0708400 (OsGELP112)- identity=59.6; qcov=0.93; evalue=4.3e-111; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022648 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808148.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808148.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057808148.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808148.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808148.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9894071 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr4:9894574 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr4:9894687 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B108,B51 |
Chr4:9894687 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B108,B51 |
Chr4:9894689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B133,B25 |
Chr4:9894697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B133,B25 |
Chr4:9895024 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr4:9895024 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B101 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808148.1PF00657
Lipase_GDSL 10-203 aa
PF13472
Lipase_GDSL_2 11-198 aa
XP_057808149.1PF00657
Lipase_GDSL 10-203 aa
PF13472
Lipase_GDSL_2 11-198 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808148.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 10 | 203 | 7.7e-21 | 75.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057808148.1 |
Pfam | PF13472 |
Lipase_GDSL_2 | Domain | 11 | 198 | 5e-25 | 89.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family |
XP_057808149.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 10 | 203 | 7.7e-21 | 75.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057808149.1 |
Pfam | PF13472 |
Lipase_GDSL_2 | Domain | 11 | 198 | 5e-25 | 89.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。