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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000805

染色体: Chr04 坐标: 9956271-9957134 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000805
名称SmilChr04G000805
描述uncharacterized SmilChr04G000805
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9956271 - 9957134 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022972
GeneID131022972
locus_tag-
NCBI NameLOC131022972
原始查询SmilChr04G000805

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0268600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0268600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs09g0268600
-
identity=32.9; qcov=0.806; evalue=5.14e-17; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022972

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808495.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808495.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808495.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808495.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808495.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9956276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B100,C10
Chr4:9956286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr4:9956288 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 11 B108,B125,B26,B43,B61,B77,B8,B80,C2,C35,C72
Chr4:9956292 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 11 B108,B125,B26,B43,B61,B77,B8,B80,C2,C35,C72
Chr4:9956323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B135,B49,B9,C37
Chr4:9956355 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B10,B135,B49,B9,C37
Chr4:9956355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B135,B49,B9,C37
Chr4:9956375 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B66,C79
Chr4:9956375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:9956393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:9956395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr4:9956413 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 16 A14,B102,B115,B119,B13,B42,B43,B95,C18,C32,C38,C43,C49,C5,C68,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952512.1
ATGACGTCAAATGCTGCCGACACGATGAACAGTAGGTTGTTGTGGGCACGATGCCTCCCGGTTGCCTCATTAATCGAGACTTATCGAGCCATTATGGAAAAATGGTTCGATGCACAACGCCTCTCGGCTGCATCGAGGTCACACGAGTTGACTGAGTTCGATCTGGACGACATTCCATGTCGTCATGCTTGTGCCGCTATTAGACGTGCAGGTTTGCAAGTGACTGACTTTGTTGGGAAATATTTCAAACAATCGATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022972
ATGACGTCAAATGCTGCCGACACGATGAACAGTAGGTTGTTGTGGGCACGATGCCTCCCGGTTGCCTCATTAATCGAGACTTATCGAGCCATTATGGAAAAATGGTTCGATGCACAACGCCTCTCGGCTGCATCGAGGTCACACGAGTTGACTGAGTTCGATCTGGACGACATTCCATGTCGTCATGCTTGTGCCGCTATTAGACGTGCAGGTTTGCAAGTGACTGACTTTGTTGGGAAATATTTCAAACAATCGATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808495.1
MTSNAADTMNSRLLWARCLPVASLIETYRAIMEKWFDAQRLSAASRSHELTEFDLDDIPCRHACAAIRRAGLQVTDFVGKYFKQSILLAIYMPHIALVPHAMYWNVPESISAYVVKPPDITRHAGRPKMSRARSAVEGSSRSQPQVCSRCKGQGHNARRCTSTLALDLNVPLDENESVEPPPVARRRRKKKCGICRSEDHTRNACPRRENE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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