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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000811

染色体: Chr04 坐标: 10131958-10141812 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000811
名称SmilChr04G000811
描述uncharacterized SmilChr04G000811
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10131958 - 10141812 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022653
GeneID131022653
locus_tag-
NCBI NameLOC131022653
原始查询SmilChr04G000811

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HEAT repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831597]; symbol=ESP4; hit=AT5G01400; species=arabidopsis; confidence=high
产物HEAT repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831597]; symbol=ESP4; hit=AT5G01400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G01400 (ESP4)
HEAT repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831597]
identity=52.6; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0693900
-
identity=49.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF11935 (SYMPK_PTA1_N); PF12295 (Symplekin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808154.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808154.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808154.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808154.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808154.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10132375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B47
Chr4:10133676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:10134546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr4:10134723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr4:10135542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B54,B94,C50,C84
Chr4:10135543 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C50
Chr4:10135543 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 C50
Chr4:10138562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr4:10138600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B44,C2
Chr4:10139586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B44,C2,D11
Chr4:10140688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B23,B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808154.1
1335 aa
N
1
668
1335
SYMPK_PTA1_N
Symplekin_C
C
PF11935 SYMPK_PTA1_N 103-324 aa PF12295 Symplekin_C 1087-1264 aa
XP_057808155.1
1334 aa
N
1
667
1334
SYMPK_PTA1_N
Symplekin_C
C
PF11935 SYMPK_PTA1_N 103-323 aa PF12295 Symplekin_C 1086-1263 aa
XP_057808156.1
1183 aa
N
1
592
1183
SYMPK_PTA1_N
Symplekin_C
C
PF11935 SYMPK_PTA1_N 10-172 aa PF12295 Symplekin_C 935-1112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808154.1 Pfam PF11935 SYMPK_PTA1_N Repeat 103 324 2.9e-34 119.4 Symplekin/PTA1 N-terminal
XP_057808154.1 Pfam PF12295 Symplekin_C Family 1087 1264 3.8e-62 210.2 Symplekin tight junction protein C terminal
XP_057808155.1 Pfam PF11935 SYMPK_PTA1_N Repeat 103 323 9.8e-34 117.7 Symplekin/PTA1 N-terminal
XP_057808155.1 Pfam PF12295 Symplekin_C Family 1086 1263 3.8e-62 210.2 Symplekin tight junction protein C terminal
XP_057808156.1 Pfam PF11935 SYMPK_PTA1_N Repeat 10 172 1.8e-26 93.9 Symplekin/PTA1 N-terminal
XP_057808156.1 Pfam PF12295 Symplekin_C Family 935 1112 3.2e-62 210.4 Symplekin tight junction protein C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952171.1
AGAACAACGCTTTCTGTTGAACGTTTAAATCCTAAAGCAGATCAAAATTGTAGCAACACAAATCCCGCTTTACCGGAGCCGATAATCTGGTAACCGCCAGCGGGAACGTCAATCCCACAGTTTCCCTCTCGATTCACAGTGCCAGATTTAGAGAGAGAAACACCATTTCTTCAATCTCAGCTACTCTATGAAATCACTCTGCTTTCCTCCAGAGACCTAGGGTTTATTGATTTCTTTTTTTCAAGTTTTTGCCAATGGTG...
XM_057952172.1
AGAACAACGCTTTCTGTTGAACGTTTAAATCCTAAAGCAGATCAAAATTGTAGCAACACAAATCCCGCTTTACCGGAGCCGATAATCTGGTAACCGCCAGCGGGAACGTCAATCCCACAGTTTCCCTCTCGATTCACAGTGCCAGATTTAGAGAGAGAAACACCATTTCTTCAATCTCAGCTACTCTATGAAATCACTCTGCTTTCCTCCAGAGACCTAGGGTTTATTGATTTCTTTTTTTCAAGTTTTTGCCAATGGTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131022653
ATGGTGGCAATGATGGCAGCTGTATCGCGGGAGAAGATTGCTGGTCGAATCAACTCGATTAAGTACGGAGGCGCCGCTGACCTGTCGTTGAAGCTCGACCAGCTGCGGCGACTGCGGGAGGAGCTCATGGCGGCGGACTCCGTGTTGGTTGTGGAGGTCGTCTCCCCTGTTCTCGACCTCCTCTCAGACCGTTTGAGCCCCGTCCGAAAATTCATCACTCAGATGATTGGTGAAATTGGTTTAAAGCACTTGCAGTTGTT...
LOC131022653
ATGGTGGCAATGATGGCAGCTGTATCGCGGGAGAAGATTGCTGGTCGAATCAACTCGATTAAGTACGGAGGCGCCGCTGACCTGTCGTTGAAGCTCGACCAGCTGCGGCGACTGCGGGAGGAGCTCATGGCGGCGGACTCCGTGTTGGTTGTGGAGGTCGTCTCCCCTGTTCTCGACCTCCTCTCAGACCGTTTGAGCCCCGTCCGAAAATTCATCACTCAGATGATTGGTGAAATTGGTTTAAAGCACTTGCAGTTGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057808154.1
MVAMMAAVSREKIAGRINSIKYGGAADLSLKLDQLRRLREELMAADSVLVVEVVSPVLDLLSDRLSPVRKFITQMIGEIGLKHLQLLPEIIPALVDVLKDETPAVARQAISCGFDIFRYSLVNVAIQGLYSSEFDESLRSSWACVLKFRDEICSMAFKEESEGRKLPALKFVESVVLLYTPDPNGSLEPPSDKFFQGNFDEFNVSWLRGGHPLLNVRDLSAEASQSLSLLLDQLRSPSLKSHSYLVIIVLIKSLSAVARK...
XP_057808155.1
MVAMMAAVSREKIAGRINSIKYGGAADLSLKLDQLRRLREELMAADSVLVVEVVSPVLDLLSDRLSPVRKFITQMIGEIGLKHLQLLPEIIPALVDVLKDETPAVARQAISCGFDIFRYSLVNVAIQGLYSSEFDESLRSSWACVLKFRDEICSMAFKESEGRKLPALKFVESVVLLYTPDPNGSLEPPSDKFFQGNFDEFNVSWLRGGHPLLNVRDLSAEASQSLSLLLDQLRSPSLKSHSYLVIIVLIKSLSAVARKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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