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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000818

染色体: Chr04 坐标: 10271727-10273562 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000818
名称SmilChr04G000818
描述uncharacterized SmilChr04G000818
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10271727 - 10273562 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022661
GeneID131022661
locus_tag-
NCBI NameLOC131022661
原始查询SmilChr04G000818

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022661

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808162.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808162.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808162.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808162.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808162.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10272099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr4:10272124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr4:10272152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B129,B2
Chr4:10272184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C48,C87,D11
Chr4:10272363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C54
Chr4:10272376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C50
Chr4:10272380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B19,C47
Chr4:10272404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B86,B89,C15
Chr4:10272412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B140,C59,C60
Chr4:10272437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C64
Chr4:10272720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr4:10272845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101374.1
ATTAGATCAACCATTTCAATAAGAAGTGGTTACTATTATGCCTACTCACACAAGTGTAGGCATTGAACAACCACTTCTCCTTCATCCCCTCGGTGGAGTCGTTGAGATTGAAGATGACGATGAAGCAGAAGACGATGATTCCCCGTTGACATCTAACGATAGTGATGATGATAGTAGTGATGCTTATGAATAAATGTAAATGCACATTTTGGTTGAATTTGATTGCAAATTTGTTATGTTTGTTAGTTACTGTTAATGTT...
XM_057952179.1
ATTAGATCAACCATTTCAATAAGAAGTGGTTACTATTATGCCTACTCACACAAGTGTAGGCATTGAACAACCACTTCTCCTTCATCCCCTCGGTGGAGTCGTTGAGATTGAAGATGACGATGAAGCAGAAGACGATGATTCCCCGTTGACATCTAACGATAGTGATGATGATAGTAGTGATGCTTATGAATAAATGTAAATGCACATTTTGGTTGAATTTGATTGCAAATTTGTTATGTTTGTTAGTTACTGTTAATGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022661
ATGTCTACCTCTCGAGGTTTCTTGGGATTTGGGAGGCGATCTGGCGTTAATGCGCCAGAAGCTACAGCAGATACATCTGATGGGTCTGGGACGCATATTTCTGGGACTCCCGAGACTCCCCAGGCTTCTAGTAGTTCACGGGCTAGAAGGCCTAGGGGCCCTACAGCTGCCGATATCAGAGAGAGAGAGGTTAAGGCACCTGATGGGAGGACGGTATTGCAGAGGCATCCTACGACTGGTGTTTTGTTGGAGCCCACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808162.1
MSTSRGFLGFGRRSGVNAPEATADTSDGSGTHISGTPETPQASSSSRARRPRGPTAADIREREVKAPDGRTVLQRHPTTGVLLEPTGLSKACTRTFKMFENPGGYTWKLTPPAMKDKYFDELQKEFMWQPDDARDVRKMWETKARKRYSDMMSDYKTDLKQCIRQGREMSRPVWMTPDFWTGLRDYWHQPEVEAVSNRARVNRMSEPDGEGTGISRHVGGSQSTRILQQYMVCN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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