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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000826

染色体: Chr04 坐标: 10385617-10388580 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000826
名称SmilChr04G000826
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10385617 - 10388580 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022976
GeneID131022976
locus_tag-
NCBI NameLOC131022976
原始查询SmilChr04G000826

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=33.7; qcov=0.922; evalue=1.54e-109; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=37.3; qcov=0.97; evalue=3.13e-167; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808499.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808499.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808499.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808499.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808499.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10385817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B35,B75,D10
Chr4:10385823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:10385845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B35,B75,D10
Chr4:10385913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10386107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10386357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr4:10386360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr4:10386477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B41,D11
Chr4:10386775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C15
Chr4:10386986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B58
Chr4:10387248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,D10
Chr4:10387485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808499.1
987 aa
N
1
494
987
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 28-68 aa PF00560 LRR_1 124-145 aa PF13855 LRR_8 226-284 aa PF00560 LRR_1 324-345 aa PF00560 LRR_1 348-364 aa PF00560 LRR_1 370-389 aa PF13855 LRR_8 370-429 aa PF00560 LRR_1 396-415 aa PF00560 LRR_1 662-680 aa PF00560 LRR_1 685-703 aa PF00560 LRR_1 709-731 aa PF13855 LRR_8 709-767 aa PF00560 LRR_1 733-754 aa PF13516 LRR_6 782-796 aa PF00560 LRR_1 880-901 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808499.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 68 5.7e-10 40.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 124 145 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 226 284 1.1e-58 195.6 Leucine rich repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 324 345 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 364 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 370 389 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 370 429 1.1e-58 195.6 Leucine rich repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 396 415 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 662 680 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 685 703 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 709 731 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 709 767 1.1e-58 195.6 Leucine rich repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 733 754 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat
XP_057808499.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 782 796 5.1e-05 23.7 Leucine Rich repeat
XP_057808499.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 880 901 2e-56 176.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952516.1
ATGTTTGCAAGCTTCTTCTTGATCCTACTGTTCCTCTCAAATTCAAACCTCGTCGTTGATTTGGCGTTTGTTTCAGGAGAGTCCGACAAAGATCTGCTGCTCGAGTTCAGACAAAACCTGGTGTATGATTCCTCTGTTTCAACTAAGCTGTCGCAGTGGGATGAATCCACTGACTTCTGCCGATGGGTGGGAGTGGAATGCAACGGCGCGCGTCGCGTCTCCGGCCTCGATCTCAGCGAGGAGCCCATCTCTGATTACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022976
ATGTTTGCAAGCTTCTTCTTGATCCTACTGTTCCTCTCAAATTCAAACCTCGTCGTTGATTTGGCGTTTGTTTCAGGAGAGTCCGACAAAGATCTGCTGCTCGAGTTCAGACAAAACCTGGTGTATGATTCCTCTGTTTCAACTAAGCTGTCGCAGTGGGATGAATCCACTGACTTCTGCCGATGGGTGGGAGTGGAATGCAACGGCGCGCGTCGCGTCTCCGGCCTCGATCTCAGCGAGGAGCCCATCTCTGATTACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808499.1
MFASFFLILLFLSNSNLVVDLAFVSGESDKDLLLEFRQNLVYDSSVSTKLSQWDESTDFCRWVGVECNGARRVSGLDLSEEPISDYIKINTSLLRLTHLQSLSLAQTSFHFKQFPSGFGQLTELRHLNLSYSGFSGQIPSDLSNLTRLVCLDLSTAPYLRLSLPNLRGLIHNYTRLKQLYLDGVNISANGSEWGSAISSSLPNLRVLGMSNSFLTGPFHPSLLNLRSLSEIHLDFNNFSSPFPDFFSDFPDLKVLSMSYC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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