Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000827`

染色体: Chr04 坐标: 10406469-10407590 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000827`
名称	SmilChr04G000827
描述	uncharacterized SmilChr04G000827
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	10406469 - 10407590 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022977`
GeneID	`131022977`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022977`
原始查询	`SmilChr04G000827`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=25.6; qcov=0.534; evalue=5.27e-20; confidence=low
Rice	`Os12g0156200` - identity=24.9; qcov=0.464; evalue=3.57e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022977

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808500.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057808500.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057808500.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057808500.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057808500.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:10406470`	`TAC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	65	A10,A25,A3,A4,A7,A8,B100,B109,B11,B110,B115,B125,B127,B13,B132,B14,B15,B19,B28,B29,B32,B36,B38,B4,B40,B44,B45,B46,B47,B51,B53,B54,B6,B64,B70,B77,B80,B81,B83,B84,B87,B88,B9,B90,B92,C13,C19,C21,C28,C29,C3,C32,C45,C47,C49,C52,C53,C60,C63,C64,C67,C68,C70,C77,C85
`Chr4:10406511`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr4:10406529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B112,B71
`Chr4:10406532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A23,B136
`Chr4:10406534`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A14
`Chr4:10406534`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A14
`Chr4:10406567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	20	A14,A19,B1,B108,B117,B119,B42,B43,B48,B66,B7,B95,C13,C14,C26,C38,C43,C53,C64,D1
`Chr4:10406578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr4:10406581`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B110
`Chr4:10406581`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B110
`Chr4:10406582`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B110
`Chr4:10406582`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B110

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952517.1
ATGGATCTTAAACGTGATCTTCAGATGGTTTGGAAGATTGATAATGAGTGGCAAATCATACCCATGGGAAAGAGCTTCTACACGATTAAATTTAATACTGCAGAAGACAAGTCTTTGGTTCAAAAAAGCACTTCTTGGGAGTTACCTTTCGGAACAATGCGATTACGGGAATGTGTGCGATACTTTGATCCTTATAAAGAAATTTCTTCACTTTGTGAAGTGTGGATGCATATTTACTATTTACCCTTAGAGTTTTGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022977
ATGGATCTTAAACGTGATCTTCAGATGGTTTGGAAGATTGATAATGAGTGGCAAATCATACCCATGGGAAAGAGCTTCTACACGATTAAATTTAATACTGCAGAAGACAAGTCTTTGGTTCAAAAAAGCACTTCTTGGGAGTTACCTTTCGGAACAATGCGATTACGGGAATGTGTGCGATACTTTGATCCTTATAAAGAAATTTCTTCACTTTGTGAAGTGTGGATGCATATTTACTATTTACCCTTAGAGTTTTGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808500.1
MDLKRDLQMVWKIDNEWQIIPMGKSFYTIKFNTAEDKSLVQKSTSWELPFGTMRLRECVRYFDPYKEISSLCEVWMHIYYLPLEFWTLDVITGIGRAMGSPIKVDGASARGAAGHYARILLEINLSRPLPEALLVDGDERSFHVEFEFEQLPAFCSKCKITGHSIDKCNKIKNKSKDDSRHETAKERSSNKGKEIIPMGTDKATRAPNWKPKSRDQNRTVHAHNLPVITENQFGVLEQDTVEEEHIPPPRGTKSHEQALI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器