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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000830

染色体: Chr04 坐标: 10452131-10455791 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000830
名称SmilChr04G000830
描述transcription factor bHLH140
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10452131 - 10455791 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022668
GeneID131022668
locus_tag-
NCBI NameLOC131022668
原始查询SmilChr04G000830

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor bHLH140
产物transcription factor bHLH140
ArabidopsisAT5G01310 (APTX)
APRATAXIN-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830940]
identity=58.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0293400
-
identity=55.8; qcov=0.631; evalue=3.01e-147; confidence=high
GOGO:0000012 (single strand break repair); GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0003725 (double-stranded RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006302 (double-strand break repair); GO:0030983 (mismatched DNA binding); GO:0033699 (DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity); GO:1990165 (single-strand break-containing DNA binding)
KEGGsmil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01230 (HIT); PF01661 (Macro); PF11969 (DcpS_C); PF13671 (AAA_33); PF16278 (zf-C2HE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808167.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808168.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808168.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057808167.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057808167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10452379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:10452383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,D11
Chr4:10453267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,D11
Chr4:10453510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:10453737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr4:10454057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:10454198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10454414 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B10,B30,C3,C44
Chr4:10454414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B30,C3,C44
Chr4:10454777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10454783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:10455452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808167.1
687 aa
N
1
344
687
AAA_33
Macro
DcpS_C
HIT
zf-C2HE
C
PF13671 AAA_33 26-133 aa PF01661 Macro 357-434 aa PF11969 DcpS_C 495-607 aa PF01230 HIT 506-596 aa PF16278 zf-C2HE 612-665 aa
XP_057808168.1
616 aa
N
1
308
616
Macro
DcpS_C
HIT
zf-C2HE
C
PF01661 Macro 286-363 aa PF11969 DcpS_C 424-536 aa PF01230 HIT 435-525 aa PF16278 zf-C2HE 541-594 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808167.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 26 133 5.3e-10 40.5 AAA domain
XP_057808167.1 Pfam PF01661 Macro Domain 357 434 1.5e-09 38.5 Macro domain
XP_057808167.1 Pfam PF11969 DcpS_C Family 495 607 7.7e-27 94.7 Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
XP_057808167.1 Pfam PF01230 HIT Domain 506 596 3.7e-06 28.2 HIT domain
XP_057808167.1 Pfam PF16278 zf-C2HE Domain 612 665 4.5e-11 43.7 C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger
XP_057808168.1 Pfam PF01661 Macro Domain 286 363 1.2e-09 38.9 Macro domain
XP_057808168.1 Pfam PF11969 DcpS_C Family 424 536 6.4e-27 95.0 Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
XP_057808168.1 Pfam PF01230 HIT Domain 435 525 3.1e-06 28.5 HIT domain
XP_057808168.1 Pfam PF16278 zf-C2HE Domain 541 594 3.8e-11 43.9 C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952185.1
GAAAGTAGTGAAGCAGAAACGTCGTCGTTTCCACGCTTTATAAAAGCGTGTTTACCGTGTTGTGTTTAACAACGCTTTGGCTTCTGTTGGCGGAGATCAAGAATGGAATCAGTGGAAATTGATCGAGGAGAAACTATGTCTGAAGGAGGAAAGGGAAAAGAATTGAAGCAAATCATAGTAGTATTAATGGGTCTGCCGGGAAGTGGAAAATCAACCTTTTGCGAGGAAGTGGCGAAGATTTCTTGCCGCCCATGGGTCCG...
XM_057952184.1
GTAGTGAAGCAGAAACGTCGTCGTTTCCACGCTTTATAAAAGCGTGTTTACCGTGTTGTGTTTAACAACGCTTTGGCTTCTGTTGGCGGAGATCAAGAATGGAATCAGTGGAAATTGATCGAGGAGAAACTATGTCTGAAGGAGGAAAGGGAAAAGAATTGAAGCAAATCATAGTAGTATTAATGGGTCTGCCGGGAAGTGGAAAATCAACCTTTTGCGAGGAAGTGGCGAAGATTTCTTGCCGCCCATGGGTCCGCGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022668
ATGGAATCAGTGGAAATTGATCGAGGAGAAACTATGTCTGAAGGAGGAAAGGGAAAAGAATTGAAGCAAATCATAGTAGTATTAATGGGTCTGCCGGGAAGTGGAAAATCAACCTTTTGCGAGGAAGTGGCGAAGATTTCTTGCCGCCCATGGGTCCGCGTTTGCCAGGATTCAATCAATAATGGTAAAGCTGGGACAAAAAACCAGTGTTTATCTGTTGCAGCTAATGCTTTGAAGGGTGGTAAGAGCGTGTTGATAGA...
LOC131022668
ATGGGTCCGCGTTTGCCAGGTAGACCTACATCGCACATTACACCGTTGTTATCTGCTGAAAGAAGGGAGCAGAGGGCAGAGTTTCTGAAACTTGGTGGTCCAGAAACAGAGAAACATGTTGTGGTGCTTGATCTACTGCCCACGCTTTGTATCTCTCGTTCCGTGAAGCGTACTGGGCATGAGGGCAACTTACAAGGCGGTAGAGCAGCTGCAGTTGTGAATCACATGGTGCCGAAGAAGGAACTCCCTAAACTGAGTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808167.1
MESVEIDRGETMSEGGKGKELKQIIVVLMGLPGSGKSTFCEEVAKISCRPWVRVCQDSINNGKAGTKNQCLSVAANALKGGKSVLIDRCNIDREQRAEFLKLGGPETEKHVVVLDLLPTLCISRSVKRTGHEGNLQGGRAAAVVNHMVPKKELPKLSEGFDRIMFCYNEKDVKEAINLYGSLTLDDSLPSGCFGQKSSNSTVQVGIMKFFKKGDASGNAKSVAKDSGNQGAKTGSHTACDALQKMREGGELDMTSTSGST...
XP_057808168.1
MGPRLPGRPTSHITPLLSAERREQRAEFLKLGGPETEKHVVVLDLLPTLCISRSVKRTGHEGNLQGGRAAAVVNHMVPKKELPKLSEGFDRIMFCYNEKDVKEAINLYGSLTLDDSLPSGCFGQKSSNSTVQVGIMKFFKKGDASGNAKSVAKDSGNQGAKTGSHTACDALQKMREGGELDMTSTSGSTASGSIPTLAFPSISTADFQFDLEKASNIIVEKVEEYIGRIGKGKLVLVDLSRGSKILSLVETKAAKKNIDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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