Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000833

染色体: Chr04 坐标: 10473829-10475535 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000833
名称SmilChr04G000833
描述uncharacterized SmilChr04G000833
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10473829 - 10475535 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022980
GeneID131022980
locus_tag-
NCBI NameLOC131022980
原始查询SmilChr04G000833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=28.6; qcov=0.518; evalue=3.57e-27; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808502.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057808502.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057808502.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808502.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808502.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10473837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B35,C57,D4
Chr4:10473839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,B24
Chr4:10473843 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A4,B112,B128,B140,B22,B24,B40,C2,C30,C32,C39,C68,C75,C81,C82,C9,D6,D8,D9
Chr4:10473857 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr4:10473857 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr4:10473894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B113,B41,B50,C43
Chr4:10473907 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A11,B129,B139,B21,B22,B28,B36,B42,B43,B49,B54,B61,B71,B72,B76,B82,B84,B90,B92,B93,B95,C18,C22,C29,C31,C39,C44,C5,C62,C71
Chr4:10473917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C29,C49
Chr4:10473920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,B9,C85
Chr4:10473940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C67,C73,C78,D5
Chr4:10473954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B9,C26,C46
Chr4:10473964 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B125,B128,B131,B132,B88,C51,C69,C83,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952519.1
ATGGCTCAGCGATGGTTCCACAATCTGAGAAGTAACTCTGTACAATCCTACGACGATCTTCATCTCATGTTCATGAGACAGTTTGCCAGCGCAAAGAGGGTAGGGAAAACGCCCATTTCTTTGATGGACATCAGACAGGAATCACAGGAAACGCTCCGCGAATACGTGGCACGGTTCAACACAATCGCGTTAGATATACCAGAAGCTGAATCTCAGATTAAATGGTACGCCTTTGCTAGAGGGTTAAAGCAAGGCCCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022980
ATGGCTCAGCGATGGTTCCACAATCTGAGAAGTAACTCTGTACAATCCTACGACGATCTTCATCTCATGTTCATGAGACAGTTTGCCAGCGCAAAGAGGGTAGGGAAAACGCCCATTTCTTTGATGGACATCAGACAGGAATCACAGGAAACGCTCCGCGAATACGTGGCACGGTTCAACACAATCGCGTTAGATATACCAGAAGCTGAATCTCAGATTAAATGGTACGCCTTTGCTAGAGGGTTAAAGCAAGGCCCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808502.1
MAQRWFHNLRSNSVQSYDDLHLMFMRQFASAKRVGKTPISLMDIRQESQETLREYVARFNTIALDIPEAESQIKWYAFARGLKQGPLFEALQIKPPTSFEDIMTIIPGYLQLEDAKLARKAEADKLKPKKQDSADTGEKYITRNPYRGLPPRTMVVEVGTGPLITAQAERREERSGYRDDLQNPTQWNRHVDEIFHQIKGENYFRAPKNYQPGAPTPGKNNLLCEYHNRYGHLTRECGHLKHQLEILVRKGFLDRYIERP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器