当前解析结果
SmilChr04G000833| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000833 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000833 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000833 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 10473829 - 10475535 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022980 |
|---|---|
| GeneID | 131022980 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022980 |
| 原始查询 | SmilChr04G000833 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0439900- identity=28.6; qcov=0.518; evalue=3.57e-27; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022980 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808502.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057808502.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057808502.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057808502.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808502.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:10473837 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B35,C57,D4 |
Chr4:10473839 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,B24 |
Chr4:10473843 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 19 | A4,B112,B128,B140,B22,B24,B40,C2,C30,C32,C39,C68,C75,C81,C82,C9,D6,D8,D9 |
Chr4:10473857 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B53 |
Chr4:10473857 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:10473894 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B113,B41,B50,C43 |
Chr4:10473907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 30 | A11,B129,B139,B21,B22,B28,B36,B42,B43,B49,B54,B61,B71,B72,B76,B82,B84,B90,B92,B93,B95,C18,C22,C29,C31,C39,C44,C5,C62,C71 |
Chr4:10473917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B30,C29,C49 |
Chr4:10473920 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B85,B9,C85 |
Chr4:10473940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C67,C73,C78,D5 |
Chr4:10473954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B9,C26,C46 |
Chr4:10473964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | B125,B128,B131,B132,B88,C51,C69,C83,C87 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。