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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000840

染色体: Chr04 坐标: 10612622-10613166 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000840
名称SmilChr04G000840
描述uncharacterized SmilChr04G000840
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10612622 - 10613166 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022677
GeneID131022677
locus_tag-
NCBI NameLOC131022677
原始查询SmilChr04G000840

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022677

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808176.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057808176.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808176.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808176.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10612656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:10612664 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B95,C14
Chr4:10612664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr4:10612676 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 85 A13,A2,A21,A24,A5,A6,B10,B101,B103,B104,B105,B106,B108,B11,B113,B114,B117,B122,B131,B135,B136,B139,B15,B16,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B37,B47,B56,B6,B60,B68,B74,B75,B80,B85,B88,B89,B93,B96,B98,C1,C10,C11,C13,C15,C22,C24,C28,C3,C33,C35,C37,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C56,C63,C69,C70,C71,C73,C75,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C86,C9,D10,D11,D2,D5,D7
Chr4:10612699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:10612723 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr4:10612723 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr4:10612731 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B41
Chr4:10612731 A ATC 2bp_insertion CDS_variant 1 B41
Chr4:10612741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:10612753 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 128 A1,A11,A13,A2,A24,A25,A3,A5,A6,A9,B10,B101,B104,B106,B108,B11,B112,B114,B115,B117,B121,B122,B128,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B15,B18,B19,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B31,B37,B4,B42,B43,B44,B47,B49,B5,B50,B51,B55,B56,B59,B60,B63,B68,B7,B72,B73,B74,B79,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C17,C22,C24,C26,C28,C3,C30,C33,C35,C37,C38,C4,C40,C42,C43,C44,C45,C47,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C66,C69,C70,C71,C73,C75,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C86,C87,C9,D11,D5,D7,D8,D9
Chr4:10612772 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 A13,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952193.1
GCTGAGGAAATTAGAAGGAAAGAAGGTTTGAATCAAATTATATTGTATTAGTTTTTTAAAAGTGTGGGACGAAATATAAATGTCCGTCTTGATGCAGCACGGACAAAGCATATGAATGATGAATTCATGAAGGATATGAAACGTGCTATGATGGAGAGTATGTTAGAAGGGGTCTTGAATAAGAGGAAGAAAATGGATGTTGTGGACAATGTTGAGCAGGAGACGTTGGAAGATTCGTCAGAGGAGAGTGGGTCTCCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022677
ATGAATGATGAATTCATGAAGGATATGAAACGTGCTATGATGGAGAGTATGTTAGAAGGGGTCTTGAATAAGAGGAAGAAAATGGATGTTGTGGACAATGTTGAGCAGGAGACGTTGGAAGATTCGTCAGAGGAGAGTGGGTCTCCAGTGGAAGTCGTCAAAAAGACTAGGCATGAGAAACGCAAGGAGGGGATGGTGAACTACAAAGAATGGGTTGTGAGACCGTATGAGGATTATCCGACAATGTTCACGAGGACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808176.1
MNDEFMKDMKRAMMESMLEGVLNKRKKMDVVDNVEQETLEDSSEESGSPVEVVKKTRHEKRKEGMVNYKEWVVRPYEDYPTMFTRTTSCVFVKAVEQMNEQQK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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