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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000841

染色体: Chr04 坐标: 10614923-10617887 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000841
名称SmilChr04G000841
描述receptor-like protein 6
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10614923 - 10617887 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022982
GeneID131022982
locus_tag-
NCBI NameLOC131022982
原始查询SmilChr04G000841

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 6
产物receptor-like protein 6
ArabidopsisAT1G45616 (RLP6)
receptor like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841101]
identity=34.7; qcov=0.982; evalue=7.99e-133; confidence=low
RiceOs12g0215950
-
identity=36.6; qcov=1.02; evalue=3.64e-172; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022982

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808505.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808505.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808505.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808505.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808505.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10615066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:10615084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B41
Chr4:10615312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B65,B77
Chr4:10615405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,C6
Chr4:10615478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B22
Chr4:10615534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:10615549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:10615625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:10615773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr4:10615784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:10616175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B75
Chr4:10616350 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 6 A2,B103,B6,C1,C4,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808505.1
956 aa
N
1
478
956
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 24-65 aa PF00560 LRR_1 122-143 aa PF00560 LRR_1 251-272 aa PF00560 LRR_1 297-317 aa PF13855 LRR_8 297-356 aa PF00560 LRR_1 322-344 aa PF00560 LRR_1 372-391 aa PF13855 LRR_8 372-429 aa PF00560 LRR_1 583-603 aa PF13855 LRR_8 606-663 aa PF00560 LRR_1 629-651 aa PF00560 LRR_1 705-723 aa PF13516 LRR_6 822-836 aa PF00560 LRR_1 822-844 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808505.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 65 2e-08 35.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 122 143 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 251 272 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 297 317 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 297 356 1.7e-50 169.3 Leucine rich repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 322 344 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 372 391 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 372 429 1.7e-50 169.3 Leucine rich repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 583 603 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 606 663 1.7e-50 169.3 Leucine rich repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 629 651 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 705 723 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808505.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 822 836 1.2e-05 25.7 Leucine Rich repeat
XP_057808505.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 822 844 7.4e-56 174.7 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952522.1
ATGTTCCTTCCCACAGCTTTCTTGATCCTACTCTTCTTCTCAAACTCAAATCCCACATATGTTTCAAGCCAATCTGACAAAGAGTTGCTGCTCGAGTTGAGAAACAACCTCACCTATGATCCTTCTCTTTCAAGCAAGCTGGTGCATTGGAATGAATCTATCAGCTTCTGCCGGTGGGCCGGGGTGGAATGCAACAGCAACGGAAGAGTTTCCGGCCTTGATCTCAGCCAAGAATCGATCTCCGATGGGATCAACGGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022982
ATGTTCCTTCCCACAGCTTTCTTGATCCTACTCTTCTTCTCAAACTCAAATCCCACATATGTTTCAAGCCAATCTGACAAAGAGTTGCTGCTCGAGTTGAGAAACAACCTCACCTATGATCCTTCTCTTTCAAGCAAGCTGGTGCATTGGAATGAATCTATCAGCTTCTGCCGGTGGGCCGGGGTGGAATGCAACAGCAACGGAAGAGTTTCCGGCCTTGATCTCAGCCAAGAATCGATCTCCGATGGGATCAACGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808505.1
MFLPTAFLILLFFSNSNPTYVSSQSDKELLLELRNNLTYDPSLSSKLVHWNESISFCRWAGVECNSNGRVSGLDLSQESISDGINGAHSPLFRLTALQSLSLSQNSFASIEFPSGFGQLAELRYLSLSSSGFSGQIPSDLSNLTRLVALDLSQDFTSSLNLPNLRRLIQNFTSLTQLHLDGVNISANGNAWGSGISSSLPNLEVLSLTSCSLSGVVPAELLRINSLQRLHLGGNEALGGSFPEFPSGGSLLTELNVAGSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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