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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000842

染色体: Chr04 坐标: 10627300-10633219 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000842
名称SmilChr04G000842
描述receptor-like protein 6
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10627300 - 10633219 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022983
GeneID131022983
locus_tag-
NCBI NameLOC131022983
原始查询SmilChr04G000842

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 6
产物receptor-like protein 6
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=29.9; qcov=1.02; evalue=2.85e-73; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=35.2; qcov=0.836; evalue=7.65e-101; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022983

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808506.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808506.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808506.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808506.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808506.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10627490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B83,C59
Chr4:10627536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr4:10627542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr4:10627584 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B25
Chr4:10627584 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B25
Chr4:10628008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C62
Chr4:10628113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B41,D1
Chr4:10628353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:10628583 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 137 A10,A11,A14,A16,A18,A19,A23,A24,A5,A6,A7,A8,B100,B105,B108,B11,B110,B112,B113,B114,B117,B118,B120,B122,B124,B13,B135,B136,B139,B15,B17,B18,B2,B20,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B34,B36,B37,B38,B39,B44,B45,B47,B48,B49,B52,B56,B57,B60,B61,B62,B64,B66,B68,B7,B71,B72,B74,B75,B78,B79,B80,B83,B85,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C15,C16,C18,C20,C22,C23,C24,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C4,C40,C42,C44,C45,C48,C49,C5,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C68,C70,C71,C73,C76,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C86,C9,D11,D3,D4,D6
Chr4:10628586 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 137 A10,A11,A14,A16,A18,A19,A23,A24,A5,A6,A7,A8,B100,B105,B108,B11,B110,B112,B113,B114,B117,B118,B120,B122,B124,B13,B135,B136,B139,B15,B17,B18,B2,B20,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B34,B36,B37,B38,B39,B44,B45,B47,B48,B49,B52,B56,B57,B60,B61,B62,B64,B66,B68,B7,B71,B72,B74,B75,B78,B79,B80,B83,B85,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C15,C16,C18,C20,C22,C23,C24,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C4,C40,C42,C44,C45,C48,C49,C5,C55,C56,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C68,C70,C71,C73,C76,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C86,C9,D11,D3,D4,D6
Chr4:10628713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:10628760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808506.1
864 aa
N
1
432
864
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
zf-C3HC4
C
PF08263 LRRNT_2 31-71 aa PF00560 LRR_1 127-148 aa PF00560 LRR_1 304-326 aa PF00560 LRR_1 329-350 aa PF00560 LRR_1 375-395 aa PF13855 LRR_8 375-434 aa PF00560 LRR_1 400-421 aa PF13855 LRR_8 450-509 aa PF00560 LRR_1 547-567 aa PF13855 LRR_8 649-701 aa PF00560 LRR_1 667-688 aa PF13855 LRR_8 667-725 aa PF00097 zf-C3HC4 818-849 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808506.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 71 6.9e-10 39.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 127 148 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 304 326 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 329 350 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 375 395 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 375 434 1.5e-40 137.4 Leucine rich repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 400 421 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 450 509 1.5e-40 137.4 Leucine rich repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 547 567 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 649 701 1.5e-40 137.4 Leucine rich repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 667 688 2.9e-43 137.2 Leucine Rich Repeat
XP_057808506.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 667 725 1.5e-40 137.4 Leucine rich repeat
XP_057808506.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 818 849 0.00021 21.8 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952523.1
ATGAGATTCCGAATCATGTTTGAATCTGCTTTCTTGATTCTACTGTTTTTCTCAAACTCGGATCTTGGATTTGGATTTGTCTCAGGCCAGTCTGAGAAAGAGCTGCTGCTCCAGTTCAGAAGCAGCCTAACATATGATTCCTCAGCCTCAGCCAAGCTGGTGCACTGGAACGAATCCGCCGACTTCTGCCGTTGGGAGGGAGTGGAATGCGACTCCAGCAGCCGAGTTTCAGGCCTCGACCTCAGCGGAGAATCAATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022983
ATGAGATTCCGAATCATGTTTGAATCTGCTTTCTTGATTCTACTGTTTTTCTCAAACTCGGATCTTGGATTTGGATTTGTCTCAGGCCAGTCTGAGAAAGAGCTGCTGCTCCAGTTCAGAAGCAGCCTAACATATGATTCCTCAGCCTCAGCCAAGCTGGTGCACTGGAACGAATCCGCCGACTTCTGCCGTTGGGAGGGAGTGGAATGCGACTCCAGCAGCCGAGTTTCAGGCCTCGACCTCAGCGGAGAATCAATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808506.1
MRFRIMFESAFLILLFFSNSDLGFGFVSGQSEKELLLQFRSSLTYDSSASAKLVHWNESADFCRWEGVECDSSSRVSGLDLSGESISAGINGSSTLFKLSHLQSLSLAQNTLDSVNLPSEFGHLIELRYLNLSSSGFSGQIPLSLSNLTRLVVLDLSNKFYSSLTLENDDLGRLVRNLNSLRELYLANVKISANGSEWSSALSSYLPNLRVLSLSDAHLTGPPDPSLLKLSSLSVIRLDGNTFSSPFPSFLADLPNLRVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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