当前解析结果
SmilChr04G000843| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000843 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000843 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000843 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 10658230 - 10661709 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022985 |
|---|---|
| GeneID | 131022985 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022985 |
| 原始查询 | SmilChr04G000843 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=31.6; qcov=0.328; evalue=1.01e-53; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022985 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808507.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057808507.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057808507.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057808507.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808507.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:10658246 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B42,B7,C34 |
Chr4:10658254 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 48 | A20,A6,B100,B102,B106,B108,B115,B126,B130,B133,B140,B19,B30,B38,B4,B45,B46,B58,B59,B64,B65,B70,B73,B83,B87,B9,B91,B95,C1,C10,C15,C22,C27,C28,C29,C3,C48,C50,C52,C54,C56,C65,C7,C81,C9,D1,D11,D5 |
Chr4:10658262 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B12,B29 |
Chr4:10658267 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B39,B91,C39,D6,D7 |
Chr4:10658270 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B42,B7,C34 |
Chr4:10658287 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B58,C51 |
Chr4:10658299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C58 |
Chr4:10658304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr4:10658309 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A8,B136,B88,C17 |
Chr4:10658309 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A8,B136,B88,C17 |
Chr4:10658337 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr4:10658346 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B132,B88,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808507.1PF00078
RVT_1 572-731 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 794-892 aa
PF17917
RT_RNaseH 827-921 aa
PF00075
RNase_H 953-1065 aa
PF13456
RVT_3 956-1075 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808507.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 572 | 731 | 2.5e-32 | 113.1 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808507.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 794 | 892 | 4e-16 | 59.6 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808507.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 827 | 921 | 3.2e-14 | 53.7 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057808507.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 953 | 1065 | 7e-06 | 27.0 | RNase H |
XP_057808507.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 956 | 1075 | 1.4e-13 | 51.5 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。