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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000852

染色体: Chr04 坐标: 10772589-10778509 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000852
名称SmilChr04G000852
描述receptor-like kinase TMK4
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10772589 - 10778509 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022986
GeneID131022986
locus_tag-
NCBI NameLOC131022986
原始查询SmilChr04G000852

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like kinase TMK4
产物receptor-like kinase TMK4
ArabidopsisAT3G23750 (AT3G23750)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821957]
identity=40.2; qcov=0.528; evalue=2.06e-21; confidence=medium
RiceOs04g0685900 (OsRLCK174)
-
identity=40.4; qcov=0.591; evalue=3.37e-16; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057808508.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057808508.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057808508.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808508.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10772613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:10772643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:10772647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:10772656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10772659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B65,B77
Chr4:10772702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr4:10772719 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 75 A1,A11,A13,A20,A21,A22,A25,A5,B1,B100,B102,B112,B114,B121,B123,B125,B126,B128,B134,B14,B19,B31,B34,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B48,B5,B51,B58,B6,B64,B65,B69,B70,B73,B77,B78,B8,B81,B84,B88,B90,B91,B92,B95,B99,C12,C13,C14,C16,C2,C22,C36,C4,C41,C47,C50,C51,C52,C61,C64,C65,C66,C67,C70,C85,D1,D3,D4,D6
Chr4:10772727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10772738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr4:10772765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:10772771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:10772772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952525.1
ATGCCACCGCGGCCTCCACCTCCTCTCCTTCCTGAGCCTCATTCTCCTCTCTGCCGCGGACGACTTCGCCGCCATGTCCTCCCTCTCCTCGCCCCCAGCGGCTGGTCCTCCTCCGCCCACTTCTGCACCTGGAACAACGTCAAGTGCGACTCCACCAACTCCTTCGTCGCCAGCATCAACCTCGACTCCGTCGTTGTCTCCGGCACTCTGCCTCCCGAAACCAACCAGCTTTCCCAACTCCAATCCCTCGCCGTCCAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022986
ATGCCACCGCGGCCTCCACCTCCTCTCCTTCCTGAGCCTCATTCTCCTCTCTGCCGCGGACGACTTCGCCGCCATGTCCTCCCTCTCCTCGCCCCCAGCGGCTGGTCCTCCTCCGCCCACTTCTGCACCTGGAACAACGTCAAGTGCGACTCCACCAACTCCTTCGTCGCCAGCATCAACCTCGACTCCGTCGTTGTCTCCGGCACTCTGCCTCCCGAAACCAACCAGCTTTCCCAACTCCAATCCCTCGCCGTCCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808508.1
MPPRPPPPLLPEPHSPLCRGRLRRHVLPLLAPSGWSSSAHFCTWNNVKCDSTNSFVASINLDSVVVSGTLPPETNQLSQLQSLAVQQNSLTGALHSFQNMTSLEQLYLDNNDFTSIPNNFLAGLTNLQVFSISMEFGRSSVVYEVDTGPEEHTEKEAKVIQISGDFLTKQPDGSVQSGGTTYLSQAAKWLSFA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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