当前解析结果
SmilChr04G000854| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000854 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000854 |
| 描述 | protein trichome birefringence-like 28 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 10801464 - 10806370 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022688 |
|---|---|
| GeneID | 131022688 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022688 |
| 原始查询 | SmilChr04G000854 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein trichome birefringence-like 28 |
| 产物 | protein trichome birefringence-like 28 |
| Arabidopsis | AT3G55990 (ESK1)trichome birefringence-like protein (DUF828) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824765] identity=64.8; qcov=0.809; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0830700 (OsTBL12)- identity=56.2; qcov=0.789; evalue=1.45e-153; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022688 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057808183.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808183.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808183.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808183.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808183.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:10801652 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr4:10801665 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr4:10801690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A16,B83,C59,D10 |
Chr4:10801749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B68 |
Chr4:10801784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C79 |
Chr4:10802748 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A3,B137,B44,B6,B69,B73,C41,C52,C67,C77 |
Chr4:10804411 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:10806024 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B54 |
Chr4:10806284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr4:10806286 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B66,C79 |
Chr4:10806286 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B66,C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808183.1PF14416
PMR5N 97-151 aa
PF13839
PC-Esterase 152-440 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808183.1 |
Pfam | PF14416 |
PMR5N | Domain | 97 | 151 | 3.8e-21 | 75.9 | PMR5 N terminal Domain |
XP_057808183.1 |
Pfam | PF13839 |
PC-Esterase | Family | 152 | 440 | 3.8e-89 | 300.1 | GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。