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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000864`

染色体: Chr04 坐标: 10934689-10937102 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000864`
名称	SmilChr04G000864
描述	40S ribosomal protein S4-1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	10934689 - 10937102 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022695`
GeneID	`131022695`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022695`
原始查询	`SmilChr04G000864`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S4-1
产物	40S ribosomal protein S4-1
Arabidopsis	`AT2G17360` (AT2G17360) Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816243] identity=93.1; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0105900` (RPS4) - identity=88.2; qcov=0.97; evalue=1.38e-175; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00467 (KOW); PF00900 (Ribosomal_S4e); PF01479 (S4); PF08071 (RS4NT); PF16121 (40S_S4_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022695

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808192.1`
2	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057808192.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808192.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808192.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808192.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:10935646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B22
`Chr4:10935680`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	52	A14,A19,A7,B101,B11,B115,B117,B124,B125,B133,B14,B3,B30,B35,B37,B38,B39,B45,B54,B56,B57,B58,B64,B65,B7,B70,B79,B8,B81,B84,B88,B90,B92,B94,C1,C12,C13,C16,C29,C35,C39,C45,C47,C49,C5,C63,C64,C72,D2,D3,D8,D9
`Chr4:10936178`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr4:10936517`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr4:10936565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B79
`Chr4:10936598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B41,D6
`Chr4:10936604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,C11,C69
`Chr4:10936766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:10936781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C39,C75,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808192.1

263 aa

132

263

RS4NT

Ribosomal_S4e

KOW

40S_S4_C

PF08071 RS4NT 3-39 aa PF01479 S4 48-90 aa PF00900 Ribosomal_S4e 95-169 aa PF00467 KOW 177-210 aa PF16121 40S_S4_C 212-258 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808192.1`	Pfam	`PF08071`	RS4NT	Domain	3	39	1.2e-18	67.5	RS4NT (NUC023) domain
`XP_057808192.1`	Pfam	`PF01479`	S4	Domain	48	90	1.6e-05	25.3	S4 domain
`XP_057808192.1`	Pfam	`PF00900`	Ribosomal_S4e	Family	95	169	1.5e-35	121.5	Ribosomal family S4e
`XP_057808192.1`	Pfam	`PF00467`	KOW	Family	177	210	1.1e-06	28.9	KOW motif
`XP_057808192.1`	Pfam	`PF16121`	40S_S4_C	Family	212	258	8.2e-25	86.8	40S ribosomal protein S4 C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952209.1
CATATAACTGGGCTACTAGGGTTTACGCTTCTCCTTCACTTCAGCACTAGCTAGAGAAGCAGAGGAGCCGCCGCCGTTTTCTGCATCCACCACCACCAATATGGCGAGAGGATTGAAGAAACACTTGAAGAGGCTCAATGCCCCGAAACATTGGATGTTGGATAAATTGGGTGGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCATCTGGTCCCCACAAATCGAGGGAGTGCTTGCCCTTGATTCTCATTCTGCGAAACAGGCTGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022695
ATGGCGAGAGGATTGAAGAAACACTTGAAGAGGCTCAATGCCCCGAAACATTGGATGTTGGATAAATTGGGTGGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCATCTGGTCCCCACAAATCGAGGGAGTGCTTGCCCTTGATTCTCATTCTGCGAAACAGGCTGAAGTATGCTTTGACTTACCGTGAAGTTATTGCCATTCTGATGCAACGCCATATCCAGGTTGATGGGAAAGTAAGGACTGATAAGACCTACCCTGCTGGATTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808192.1
MARGLKKHLKRLNAPKHWMLDKLGGAFAPKPSSGPHKSRECLPLILILRNRLKYALTYREVIAILMQRHIQVDGKVRTDKTYPAGFMDVVSIPKTNENFRLLYDTKGRFRLHSIRDEEAKFKLCKVRNIQFGKKGIPYLNTYDGRTIRYPDPLIKANDTIKLDLESNKITDFIKFDVGNVVMVTGGRNRGRVGILKNREKHKGSFETVHIQDATGHEFATRLGNVYTIGKGTKPWVSLPKGKGIKLSIIEEAKKRISAQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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