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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000894

染色体: Chr04 坐标: 11506315-11508822 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000894
名称SmilChr04G000894
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向11506315 - 11508822 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022719
GeneID131022719
locus_tag-
NCBI NameLOC131022719
原始查询SmilChr04G000894

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3
产物probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3
ArabidopsisAT3G51740 (IMK2)
inflorescence meristem receptor-like kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824337]
identity=49.9; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0107700
-
identity=51.8; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808214.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808214.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808214.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808214.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808214.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:11506773 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B132,B5
Chr4:11506773 T TTC 2bp_insertion CDS_variant 2 B132,B5
Chr4:11506922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:11506960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B113,C84
Chr4:11506964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr4:11507025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr4:11507090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr4:11507394 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C40
Chr4:11507394 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C40
Chr4:11507593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr4:11507944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C48
Chr4:11508490 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B107,B112,B130,B8,C53,C83,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808214.1
710 aa
N
1
355
710
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 45-83 aa PF00560 LRR_1 112-133 aa PF13855 LRR_8 143-194 aa PF00560 LRR_1 159-181 aa PF23598 LRR_14 176-285 aa PF13855 LRR_8 182-242 aa PF00560 LRR_1 184-205 aa PF00560 LRR_1 207-229 aa PF00560 LRR_1 231-253 aa PF13855 LRR_8 231-290 aa PF00560 LRR_1 255-274 aa PF00069 Pkinase 430-693 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 431-695 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808214.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 45 83 2.6e-08 34.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057808214.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 112 133 5.7e-25 82.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808214.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 143 194 1.2e-21 76.9 Leucine rich repeat
XP_057808214.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 159 181 5.7e-25 82.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808214.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 176 285 1.5e-13 51.0 Leucine-rich repeat region
XP_057808214.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 182 242 1.2e-21 76.9 Leucine rich repeat
XP_057808214.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 184 205 5.7e-25 82.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808214.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 207 229 5.7e-25 82.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808214.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 231 253 5.7e-25 82.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808214.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 231 290 1.2e-21 76.9 Leucine rich repeat
XP_057808214.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 255 274 5.7e-25 82.7 Leucine Rich Repeat
XP_057808214.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 430 693 4.5e-34 118.8 Protein kinase domain
XP_057808214.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 431 695 9.2e-38 130.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952231.1
ATGGATGAGGAAAAAAATGGTGTTTGGAGATGGAAGCAATCCCTACTTCTGCTGCTCGTGTTAATAATCCGTTCCACTCTTGTTTCAGGCAAGCAACTGAGCAGCGCGGCGACAGCAATGACAGCAACAGAGGCCGATCATCAAGCCTTGAAGGCCGTAAAGCTCGAATTCGTCGATCCCAGAGGCGTCCTGAGCAGCTGGAACACCACTCGTGCCGCGGTCTGCTCCACCTGGGCTGGGATCAAGTGCCTGAATGGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022719
ATGGATGAGGAAAAAAATGGTGTTTGGAGATGGAAGCAATCCCTACTTCTGCTGCTCGTGTTAATAATCCGTTCCACTCTTGTTTCAGGCAAGCAACTGAGCAGCGCGGCGACAGCAATGACAGCAACAGAGGCCGATCATCAAGCCTTGAAGGCCGTAAAGCTCGAATTCGTCGATCCCAGAGGCGTCCTGAGCAGCTGGAACACCACTCGTGCCGCGGTCTGCTCCACCTGGGCTGGGATCAAGTGCCTGAATGGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808214.1
MDEEKNGVWRWKQSLLLLLVLIIRSTLVSGKQLSSAATAMTATEADHQALKAVKLEFVDPRGVLSSWNTTRAAVCSTWAGIKCLNGRVIAVQLPWKGLEGQISDRIGLLRGLRYLSLHDNALTGPIPPALGRLPQLRGLYPFNNRLSGLIPPIFSNCLNLQILDLSTNHLTGIVPPTLGNCSRLYKLNLSCNKIVGNIPDELGNLLKLRFLDLSNNEISGDFAENLSKLSSLQMLNLRNNNLDGLIPPSIGKLGNLAVLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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