当前解析结果
SmilChr04G000899| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000899 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000899 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000899 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 11593348 - 11594688 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023001 |
|---|---|
| GeneID | 131023001 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023001 |
| 原始查询 | SmilChr04G000899 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=ATMG00750; species=arabidopsis; confidence=weak |
| 产物 | hit=ATMG00750; species=arabidopsis; confidence=weak |
| Arabidopsis | ATMG00750- identity=38.3; qcov=0.135; evalue=1.24e-06; confidence=weak |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17921 (Integrase_H2C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023001 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808522.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808522.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808522.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808522.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808522.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:11593387 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,C42 |
Chr4:11593392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,C12,C83,D5 |
Chr4:11593393 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,D10 |
Chr4:11593398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,C42 |
Chr4:11593406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr4:11593423 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 19 | A18,A2,A20,A22,B103,B121,B35,B58,B59,B6,B63,B70,B75,B81,C1,C4,C63,C65,C82 |
Chr4:11593444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,C67 |
Chr4:11593453 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:11593454 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C67,D10 |
Chr4:11593458 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C67 |
Chr4:11593466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C42 |
Chr4:11593466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808522.1PF00075
RNase_H 79-188 aa
PF13456
RVT_3 92-199 aa
PF17921
Integrase_H2C2 279-327 aa
PF00665
rve 348-437 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808522.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 79 | 188 | 1.6e-07 | 32.3 | RNase H |
XP_057808522.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 92 | 199 | 1.4e-11 | 45.1 | Reverse transcriptase-like |
XP_057808522.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 279 | 327 | 5e-11 | 43.3 | Integrase zinc binding domain |
XP_057808522.1 |
Pfam | PF00665 |
rve | Domain | 348 | 437 | 3e-17 | 63.4 | Integrase core domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。