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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000923

染色体: Chr04 坐标: 12066016-12068780 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000923
名称SmilChr04G000923
描述alpha-soluble NSF attachment protein-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向12066016 - 12068780 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022748
GeneID131022748
locus_tag-
NCBI NameLOC131022748
原始查询SmilChr04G000923

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha-soluble NSF attachment protein-like
产物alpha-soluble NSF attachment protein-like
ArabidopsisAT3G56190 (ALPHA-SNAP2)
alpha-soluble NSF attachment protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824785]
identity=65.4; qcov=1; evalue=9.24e-128; confidence=high
RiceOs08g0282400
-
identity=63; qcov=1; evalue=6.78e-136; confidence=high
GOGO:0005483 (soluble NSF attachment protein activity); GO:0005774 (vacuolar membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0019905 (syntaxin binding); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0035494 (SNARE complex disassembly)
KEGG-
PfamPF14938 (SNAP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022748

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808253.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808253.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057808253.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057808253.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057808253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808253.1
289 aa
N
1
144
289
SNAP
C
PF14938 SNAP 7-279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808253.1 Pfam PF14938 SNAP Repeat 7 279 5.4e-105 351.6 Soluble NSF attachment protein, SNAP

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952270.1
ATAGCTGATCATATTAAAAGAGACCACGCGTATTGTGCCTTCTGGTAGCTTCACACGTGTGCGATCGGACTGGACACGTGTTTCATCAACAGCGTGTGTCTAGGTTCATCATTTTTACTCGCAGTGAAAACATCAAAATTCACAGCTCAGTAGATTTCTCTCCTGCGAAGCCTTGGAGTTGGATGCTCGATCCTAAAATTCGAAACTAAAGAATCCAGAGCTCCATTTGCTTTTCTTCCGATTGAATCGAAAATGGGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022748
ATGGGGCTCGATGTTGCAAAAGGCGAGGAATTCGAGCGGAAAGCGGAGAAGAAGATCAAAGGATGGGGCTTGTTTGGCTCCAAGTACGACGACGCTGCCGATCTATATCAAAAAGCCGCCAATTCGTTCAAACTCACAAAATCATGGGACAGAGCAGCTACAGCTTATATCAAATTGGCCGGCTGTAATTTGAAGTCGGACAGCAAGCACGAAGCTGCAAGTGCTTATGTGGATAGCGCGAGTTGCTACAAGAAAATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808253.1
MGLDVAKGEEFERKAEKKIKGWGLFGSKYDDAADLYQKAANSFKLTKSWDRAATAYIKLAGCNLKSDSKHEAASAYVDSASCYKKISPKQAISSLDQAVNLLLEINRFNMAAKYCKEIGELYEQERNMDQAITYFERAADLYQTEEVNTSSSQCRQKVAEFSAQLGKYQTAAEIYEEVAGYALNNNLLKYGARGHLLNAGICQLCKGDVVAINNALEKYQDLDPTFSRTRECKLLAALAVAFDEEDAAKFSVAVKEFDSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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