当前解析结果
SmilChr04G000939| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000939 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000939 |
| 描述 | protein LURP-one-related 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 12378362 - 12380127 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022758 |
|---|---|
| GeneID | 131022758 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022758 |
| 原始查询 | SmilChr04G000939 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LURP-one-related 15-like |
| 产物 | protein LURP-one-related 15-like |
| Arabidopsis | AT5G01750 (AT5G01750)LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831684] identity=51; qcov=0.981; evalue=2.62e-80; confidence=high |
| Rice | Os07g0230700- identity=43.1; qcov=0.929; evalue=2.33e-67; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04525 (LOR) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022758 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057808264.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057808264.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057808264.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808264.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808264.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:12378534 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C58 |
Chr4:12378661 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,B5 |
Chr4:12378700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr4:12378705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C58 |
Chr4:12378978 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 39 | A19,A2,A21,A23,A4,A7,A8,B109,B111,B112,B123,B127,B128,B13,B140,B17,B19,B23,B3,B31,B37,B42,B46,B51,B61,B69,B86,C21,C27,C45,C47,C55,C64,C65,C66,C75,C8,C82,D9 |
Chr4:12379091 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B54 |
Chr4:12379120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B124,B67,B82,D6 |
Chr4:12379165 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B113 |
Chr4:12379165 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr4:12379904 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C11,C69 |
Chr4:12379904 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr4:12379930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808264.1PF04525
LOR 30-200 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808264.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 30 | 200 | 3e-53 | 181.4 | LURP-one-related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。