当前解析结果
SmilChr04G000940| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000940 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000940 |
| 描述 | protein LURP-one-related 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 12380846 - 12382794 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022760 |
|---|---|
| GeneID | 131022760 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022760 |
| 原始查询 | SmilChr04G000940 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LURP-one-related 15-like |
| 产物 | protein LURP-one-related 15-like |
| Arabidopsis | AT5G01750 (AT5G01750)LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831684] identity=56.2; qcov=0.98; evalue=1.72e-93; confidence=high |
| Rice | Os07g0230700- identity=49.2; qcov=0.951; evalue=1.66e-72; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04525 (LOR) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022760 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808265.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057808266.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808265.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808265.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808265.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:12381448 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B54 |
Chr4:12381567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B80 |
Chr4:12381567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr4:12381718 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A10,A13,B100,B105,B132,B18,B22,B23,B41,B44,B84,B85,B87,B94,C13,C58,C78,D7,D8 |
Chr4:12381769 |
CTT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B112 |
Chr4:12381769 |
CTT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B112 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808265.1PF04525
LOR 25-163 aa
XP_057808266.1PF04525
LOR 25-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808265.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 25 | 163 | 2e-38 | 133.2 | LURP-one-related |
XP_057808266.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 25 | 194 | 4.4e-54 | 184.1 | LURP-one-related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。