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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000940

染色体: Chr04 坐标: 12380846-12382794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000940
名称SmilChr04G000940
描述protein LURP-one-related 15-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向12380846 - 12382794 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022760
GeneID131022760
locus_tag-
NCBI NameLOC131022760
原始查询SmilChr04G000940

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LURP-one-related 15-like
产物protein LURP-one-related 15-like
ArabidopsisAT5G01750 (AT5G01750)
LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831684]
identity=56.2; qcov=0.98; evalue=1.72e-93; confidence=high
RiceOs07g0230700
-
identity=49.2; qcov=0.951; evalue=1.66e-72; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04525 (LOR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808265.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057808266.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057808265.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808265.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:12381448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B54
Chr4:12381567 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B80
Chr4:12381567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:12381718 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 19 A10,A13,B100,B105,B132,B18,B22,B23,B41,B44,B84,B85,B87,B94,C13,C58,C78,D7,D8
Chr4:12381769 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B112
Chr4:12381769 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808265.1
207 aa
N
1
104
207
LOR
C
PF04525 LOR 25-163 aa
XP_057808266.1
205 aa
N
1
102
205
LOR
C
PF04525 LOR 25-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808265.1 Pfam PF04525 LOR Domain 25 163 2e-38 133.2 LURP-one-related
XP_057808266.1 Pfam PF04525 LOR Domain 25 194 4.4e-54 184.1 LURP-one-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952283.1
TATAGCTACAACTTAATTAAAGACAAGGATAAGATAAGACCATGCCTTTTTTGCTTTAATTATTCCTCCATTTTTCCATTTCTAACTATTTATAATTTGGGAAGCTAAAGGCTAAAGCCCCCGCCCCTCTGCCGTCCTTAAATACGATACCGAATAAACAAATCCCCAAATTCAGAAATACATTGTTGCAAATAAATTGGATCAACACAACAGCAATCATCCTTGAATTAAAAATATAATATAAAAATGATGGGCGGTGC...
XM_057952282.1
TAATTTGGGAAGCTAAAGGCTAAAGCCCCCGCCCCTCTGCCGTCCTTAAATACGATACCGAATAAACAAATCCCCAAATTCAGAAATACATTGTTGCAAATAAATTGGATCAACACAACAGCAATCATCCTTGAATTAAAAATATAATATAAAAATGATGGGCGGTGCGAGCTATCCGGCGGTGGAGGTCGCCGTGGTCAGCCCGCAGTTCTGCGTATCTTACCCCGTCGATCTCATCGTCACGCGGAAGCTGATGACTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022760
ATGATGGGCGGTGCGAGCTATCCGGCGGTGGAGGTCGCCGTGGTCAGCCCGCAGTTCTGCGTATCTTACCCCGTCGATCTCATCGTCACGCGGAAGCTGATGACTCTCGAAGACGGAACTTTCGGAGTCACCGACGTCAACGGCAACCTCCTGTTCAGGATCAGAGGGAAAGTCTTCAGCCTCCACGACCGCCGCGTATTGCTCGACGCTGCCGGAAACCCTATCATCACGTTCCAGCAGAAGCTGCTGACGGCGCATAG...
LOC131022760
ATGATGGGCGGTGCGAGCTATCCGGCGGTGGAGGTCGCCGTGGTCAGCCCGCAGTTCTGCGTATCTTACCCCGTCGATCTCATCGTCACGCGGAAGCTGATGACTCTCGAAGACGGAACTTTCGGAGTCACCGACGTCAACGGCAACCTCCTGTTCAGGATCAGAGGGAAAGTCTTCAGCCTCCACGACCGCCGCGTATTGCTCGACGCTGCCGGAAACCCTATCATCACGTTCCAGCAGAAGCTGCTGACGGCGCATAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808265.1
MMGGASYPAVEVAVVSPQFCVSYPVDLIVTRKLMTLEDGTFGVTDVNGNLLFRIRGKVFSLHDRRVLLDAAGNPIITFQQKLLTAHRRWQAFRGESTDSKNMLFNVRKSSMIQFKTKLDVFMAANSKEDRCDFRIEGSWFERSCAIYAGDTNNVIAQVRSKLNTLIFSILCCVLISHFESSLNRLIKRVFSYVYFEELTIPYMFISL
XP_057808266.1
MMGGASYPAVEVAVVSPQFCVSYPVDLIVTRKLMTLEDGTFGVTDVNGNLLFRIRGKVFSLHDRRVLLDAAGNPIITFQQKLLTAHRRWQAFRGESTDSKNMLFNVRKSSMIQFKTKLDVFMAANSKEDRCDFRIEGSWFERSCAIYAGDTNNVIAQMHKKHTAQSILLGKDTFCVTIYPNVDHAFIVALVVILEEINEDRSGDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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