Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000941

染色体: Chr04 坐标: 12405617-12407085 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000941
名称SmilChr04G000941
描述uncharacterized SmilChr04G000941
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向12405617 - 12407085 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023012
GeneID131023012
locus_tag-
NCBI NameLOC131023012
原始查询SmilChr04G000941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808531.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057808531.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057808531.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057808531.1
5 Stress granule Stress granule 0.20000 XP_057808531.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:12405628 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B78,C61
Chr4:12405628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C61
Chr4:12405634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B79,C28,C34
Chr4:12405718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C38,C63
Chr4:12405730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr4:12405733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B79
Chr4:12405747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C8
Chr4:12405768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr4:12405786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B52,B61
Chr4:12405809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,B98
Chr4:12405832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B18,B53
Chr4:12405833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952548.1
ATGCCCGGAGAGGACCCTCAAAGACATCTTCAAGACTTTGAGATGACATGTGGAACGGTGCGCACCGCAAGCCAAGCACTTGGTGAATATATCCGACTCCTTACTTTTCCGTTCTCTTTGTTAGAGGGAGCGAGGGAGTGGTTGTATGATTTACCCGAAGGAAGCATTCGAACCTGGCAGGAGCTACAGAGCAAGTTTTTGGAGCGATACTTTCCAGCTGCCCGGATCCAGAATCTGAGGACTCGAATAAGCAATATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023012
ATGCCCGGAGAGGACCCTCAAAGACATCTTCAAGACTTTGAGATGACATGTGGAACGGTGCGCACCGCAAGCCAAGCACTTGGTGAATATATCCGACTCCTTACTTTTCCGTTCTCTTTGTTAGAGGGAGCGAGGGAGTGGTTGTATGATTTACCCGAAGGAAGCATTCGAACCTGGCAGGAGCTACAGAGCAAGTTTTTGGAGCGATACTTTCCAGCTGCCCGGATCCAGAATCTGAGGACTCGAATAAGCAATATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808531.1
MPGEDPQRHLQDFEMTCGTVRTASQALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLERYFPAARIQNLRTRISNIKMGSTEVLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIADMAEESRDEEGTIIRNPLTPATSAQDEKLYKLCNMFEKFMTNQGATNQGNPNIRKPVKACQLCMATSHTTDECPQLFEDEELNAIGQQPGGNNGGQNQKPFEPYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器