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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000956`

染色体: Chr04 坐标: 12659602-12663321 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000956`
名称	SmilChr04G000956
描述	uncharacterized SmilChr04G000956
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	12659602 - 12663321 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023016`
GeneID	`131023016`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023016`
原始查询	`SmilChr04G000956`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0202300` - identity=29.3; qcov=0.362; evalue=7.93e-45; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023016

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808536.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808536.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808536.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057808536.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057808536.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:12659608`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A1,B103,B73,C10,C77
`Chr4:12659608`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B103,B73,C10,C77
`Chr4:12659618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B5,C15,C51,C64
`Chr4:12659632`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	161	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A23,A3,A6,A7,A8,B1,B10,B101,B103,B104,B105,B106,B108,B11,B110,B111,B112,B115,B117,B118,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B132,B134,B136,B138,B140,B15,B16,B18,B19,B22,B24,B25,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B44,B45,B48,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B58,B59,B61,B64,B65,B67,B69,B7,B70,B71,B73,B77,B78,B8,B80,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B91,B93,B94,B95,B97,C1,C10,C11,C12,C14,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C52,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C65,C66,C68,C7,C70,C75,C76,C78,C79,C8,C81,C83,C85,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D8
`Chr4:12659638`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B63,C35
`Chr4:12659638`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B63,C35
`Chr4:12659640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B33,B98,C14
`Chr4:12659645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,B96
`Chr4:12659646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C15,C51,C64
`Chr4:12659648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B124,B73
`Chr4:12659658`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	C15,C51,C64
`Chr4:12659658`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	C15,C51,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808536.1

1048 aa

524

1048

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RNase_H

RVT_3

PF00078 RVT_1 506-655 aa PF17919 RT_RNaseH_2 688-786 aa PF17917 RT_RNaseH 719-815 aa PF00075 RNase_H 847-958 aa PF13456 RVT_3 851-967 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808536.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	506	655	3.7e-29	102.8	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057808536.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	688	786	6.4e-19	68.6	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808536.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	719	815	4.5e-15	56.4	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808536.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	847	958	7e-07	30.2	RNase H
`XP_057808536.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	851	967	4.9e-15	56.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952553.1
ATGAACTTCAAATCAGACCAGCTCGGAATTTTGATGATATCATGGCAAGGTTACCAGGGTATTTACAGTTGGAGGATGTCCGAATGGCGCGAAAGGCTGAAAATGAAAAACATAAGGCTAAAAGAGCAGAAGCTGTACCGGAGCAGAACAACAGGAGTCAGGACCGGGCACCCTTCAGAGGGCTGCCCCCGAGGGTTCTTCCGCCTCCAACAGAAGTGCCACCTCGCCAATAGCGCACTGGACGGACAGCCACAGCAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023016
ATGAACTTCAAATCAGACCAGCTCGGAATTTTGATGATATCATGGCAAGGTTACCAGGGTATTTACAGTTGGAGGATGTCCGAATGGCGCGAAAGGCTGAAAATGAAAAACATAAGGCTAAAAGAGCAGAAGCTGTACCGGAGCAGAACAACAGGAGTCAGGACCGGGCACCCTTCAGAGGGCTGCCCCCGAGGGTTCTTCCGCCTCCAACAGAAGTGCCACCTCGCCAATAGCGCACTGGACGGACAGCCACAGCAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808536.1
MNFKSDQLGILMISWQGYQGIYSWRMSEWRERLKMKNIRLKEQKLYRSRTTGVRTGHPSEGCPRGFFRLQQKCHLANSALDGQPQQGPKNKLCEYHNAYGNYTRYCGHLMHQLELLVRQGNLDQFIARGNEGQRQPPQRNDHRQDQGNDRDRRPEENRDQHRGAVQGRAPPHPPRREVHMIFGENGIPTSNRAKKQVVRAVRSGYYPKQVMEITGAAEEPAISFGAEDLRTLMYPHDDALVFTTDIASCFVHRVFVDSGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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