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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000969

染色体: Chr04 坐标: 13021163-13023931 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000969
名称SmilChr04G000969
描述CBL-interacting protein kinase 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向13021163 - 13023931 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022779
GeneID131022779
locus_tag-
NCBI NameLOC131022779
原始查询SmilChr04G000969

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBL-interacting protein kinase 2-like
产物CBL-interacting protein kinase 2-like
ArabidopsisAT5G58380 (SIP1)
SOS3-interacting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835951]
identity=61.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0678600 (OsCIPK02)
-
identity=69; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF03109 (ABC1); PF03822 (NAF); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14531 (Kinase-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808285.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057808285.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808285.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057808285.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808285.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:13022475 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C51
Chr4:13022475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr4:13022781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B82
Chr4:13022867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C15
Chr4:13022873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:13022989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr4:13022997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C4
Chr4:13023011 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A18
Chr4:13023011 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A18
Chr4:13023307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:13023623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B81
Chr4:13023684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808285.1
456 aa
N
1
228
456
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
Kinase-like
NAF
C
PF00069 Pkinase 12-266 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 13-262 aa PF03109 ABC1 54-169 aa PF14531 Kinase-like 99-252 aa PF03822 NAF 304-362 aa
XP_057808286.1
456 aa
N
1
228
456
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
ABC1
Kinase-like
NAF
C
PF00069 Pkinase 12-266 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 13-262 aa PF03109 ABC1 54-169 aa PF14531 Kinase-like 99-252 aa PF03822 NAF 304-362 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808285.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 12 266 1.9e-79 267.5 Protein kinase domain
XP_057808285.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 13 262 2e-42 146.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057808285.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 54 169 1.6e-07 31.4 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057808285.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 99 252 9.6e-09 35.6 Kinase-like
XP_057808285.1 Pfam PF03822 NAF Domain 304 362 2e-22 79.8 NAF domain
XP_057808286.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 12 266 1.9e-79 267.5 Protein kinase domain
XP_057808286.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 13 262 2e-42 146.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057808286.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 54 169 1.6e-07 31.4 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057808286.1 Pfam PF14531 Kinase-like Family 99 252 9.6e-09 35.6 Kinase-like
XP_057808286.1 Pfam PF03822 NAF Domain 304 362 2e-22 79.8 NAF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952302.1
CATAGGAGTATTATTTAATCACAGGTGGCCGTAAAACGTTAAAAAGAGTCCAACCAACCACTAATACCTCTCCTCTAATTTCGTTCCAAGAAATAATAATTGCAGATTTTTTCTTTTAATAAATTAATTAATACTCCAAAAATGATTAGCTGTAGAGGCGGAGTTGGTATATAAACACCAGCTTGTCACACCCTCTCTTCTGCTCTTTCAGAAACACACTGCAAAAGCTAAACCACTCGTCTTTTTCTTCAATTCGATTC...
XM_057952303.1
AATTTTGTAGATTCGTTCTTTTTTCTGCGGGATCTGTGTCAAAGATTCTTTTTTTGGGGGGGTTGTGTTTATCAGATCCAGTCATGTGTAATGATTGTGTGAATTCCCTTTTTGGTTAGCGCGCCTGAATCCATTCGTATCTAAGGTTTTGATCCCTTGAACATCGTCATCACTCTCAGTAATCTCTAGCTCAAGACAAAGACCAGGGAATGCTGAAAGATGTGCTTTCCGGCTAGACAGTCTTTCTCCGACTTTGATGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022779
ATGGATAGTAAAGGTGGGATCTTGATGGAGAGGTACGAGTTTGGGAAGTTGCTCGGGCAAGGCACCTTTGCGAAGGTCTACCACGCGAGGGATGTCAAGAATGGGGCGAGTGTGGCCATTAAGGTGATCGACAAGGAGAAGATTGTGAAGGTTGGGATGATGGAGCAGATCAAGAGAGAGATTTCTGTGATGAAACTCGTGAGGCATCCGAATGTTGTGCAGCTCTACGAGGTTATGGCCACCAAAGCGAAGATCTACTT...
LOC131022779
ATGGATAGTAAAGGTGGGATCTTGATGGAGAGGTACGAGTTTGGGAAGTTGCTCGGGCAAGGCACCTTTGCGAAGGTCTACCACGCGAGGGATGTCAAGAATGGGGCGAGTGTGGCCATTAAGGTGATCGACAAGGAGAAGATTGTGAAGGTTGGGATGATGGAGCAGATCAAGAGAGAGATTTCTGTGATGAAACTCGTGAGGCATCCGAATGTTGTGCAGCTCTACGAGGTTATGGCCACCAAAGCGAAGATCTACTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808285.1
MDSKGGILMERYEFGKLLGQGTFAKVYHARDVKNGASVAIKVIDKEKIVKVGMMEQIKREISVMKLVRHPNVVQLYEVMATKAKIYFIMEYVRGGELFNKVTKGKMKEDAARKFFQQLISAVDFCHSRGVYHRDLKPENLLLDEHGNLKISDFGLSALAESRQQDGLLHTTCGTPAYVAPEVISRRGYDGAKADIWSCGVILFVLLSGQLPFHDSNLMEMYRKIGKAEFKYPNWIPPDARRLISKILDPNPSTRISISKI...
XP_057808286.1
MDSKGGILMERYEFGKLLGQGTFAKVYHARDVKNGASVAIKVIDKEKIVKVGMMEQIKREISVMKLVRHPNVVQLYEVMATKAKIYFIMEYVRGGELFNKVTKGKMKEDAARKFFQQLISAVDFCHSRGVYHRDLKPENLLLDEHGNLKISDFGLSALAESRQQDGLLHTTCGTPAYVAPEVISRRGYDGAKADIWSCGVILFVLLSGQLPFHDSNLMEMYRKIGKAEFKYPNWIPPDARRLISKILDPNPSTRISISKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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