Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000973`

染色体: Chr04 坐标: 13046546-13048048 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000973`
名称	SmilChr04G000973
描述	uncharacterized SmilChr04G000973
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	13046546 - 13048048 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023027`
GeneID	`131023027`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023027`
原始查询	`SmilChr04G000973`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=26.4; qcov=0.717; evalue=2.53e-09; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=29.3; qcov=0.846; evalue=4.99e-21; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023027

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808546.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057808546.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808546.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808546.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808546.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:13046556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr4:13047211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr4:13047225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C14,C23,C65
`Chr4:13047250`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	60	A13,A8,B1,B10,B107,B110,B122,B128,B13,B130,B139,B15,B17,B2,B20,B21,B22,B30,B48,B49,B52,B57,B60,B61,B64,B68,B71,B72,B79,B8,B84,B90,B92,B98,B99,C13,C18,C27,C29,C31,C32,C35,C48,C49,C5,C53,C55,C59,C6,C60,C61,C68,C71,C76,C83,C86,C87,D10,D4,D7
`Chr4:13047253`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B137,B40,B58,B80,C23,C54,C64
`Chr4:13047261`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr4:13047265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B109,B114,C41
`Chr4:13047265`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B114,C41
`Chr4:13047270`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr4:13047272`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr4:13047291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr4:13047292`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,B67,C19,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952563.1
ATGTCGGCTATGGCTCAATTGAAGCCGGCGGCGTACGGGAAGTTGATGCGCGTAGGCCCTGAGAAGTGGGCACGATCACAAAGTCCGTTGACCCATTATAGTTTTCTTACATCTAATGCTGCCGAGGCTTTGAATGCCCGTTTGTTGTGGGCCAGACGCCTTCCTATATGCTCCATGCTGGAGGCAATCAGGATGGTTCTGGAGCAGTGGTTCAATGACAGACTTGCGTCTGCGGAAGAGAGCGATGATCTTCTTACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023027
ATGTCGGCTATGGCTCAATTGAAGCCGGCGGCGTACGGGAAGTTGATGCGCGTAGGCCCTGAGAAGTGGGCACGATCACAAAGTCCGTTGACCCATTATAGTTTTCTTACATCTAATGCTGCCGAGGCTTTGAATGCCCGTTTGTTGTGGGCCAGACGCCTTCCTATATGCTCCATGCTGGAGGCAATCAGGATGGTTCTGGAGCAGTGGTTCAATGACAGACTTGCGTCTGCGGAAGAGAGCGATGATCTTCTTACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808546.1
MSAMAQLKPAAYGKLMRVGPEKWARSQSPLTHYSFLTSNAAEALNARLLWARRLPICSMLEAIRMVLEQWFNDRLASAEESDDLLTPEATQKISVEISKSRRYTAKRTSERKYRVRVGDRRFMVDLQAKSCECNEFDLDGMPEAKEPVEDYVEAYYLRSSLVQTYSGSLNHLPPLEHWEIPFEVATDIVLPNLSRRQAGRPRESRIPSAGERATQRTTTADASSSLGKRAPKLVVYVARLATHVEHARDASGNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器